Mesodermen är ett av de tre huvudsakliga skikten i ett embryo under utveckling, kallat könscellskikt. Andra könscellsskikt är endoderm och ektoderm. När embryot utvecklas utvecklas olika organ och kroppsdelar från dessa könscellslager. Utvecklas från mesodermen är muskler, ben, viss hudvävnad, bindväv, reproduktions- och urinsystemet och andra inre organ. Embryon från alla komplexa djur, inklusive människor, innehåller mesodermala lager i sin tidiga utveckling.
Hur mesodermen fungerar i utvecklingen av ett embryo är representativt för den komplexa process genom vilken människor och andra ryggradsdjur utvecklas i livmodern. Vart och ett av de olika lagren i det tidiga embryot börjar som relativt enkla strukturer, förändras sedan och växer för att bilda de många interagerande delarna som är nödvändiga för att skapa en fungerande levande varelse. Varje lager blir organ och vävnad som är beroende av vävnader och organ skapade i andra lager, så att utvecklingen av varje lager måste ske ordentligt för att utvecklas till ett livskraftigt foster.
Inom själva mesodermen finns ytterligare lager som differentierar sig till olika organ och delar av kroppen under graviditeten. Var och en av dessa underavdelningar utvecklas till en annan uppsättning organ och andra kroppsvävnader. De andra två lagren, ektodermen och endodermen, blir så småningom extern vävnad som hud och tänder (ektoderm) och inre vävnad som kantar de flesta av de inre organen (endoderm). Denna utvecklingsprocess liknar de flesta ryggradsdjur.
Ett av lagren i mesodermen är mesodermen på sidoplattan. Denna del av den embryonala vävnaden delar sig i skikt som utvecklas till kroppsväggen såväl som väggen av tarmarna och cirkulationssystemet. Ett annat lager, den mellanliggande mesodermen, blir urin- och reproduktionssystemen. Paraxial mesoderm blir ansiktsmuskler, kotor, skelettmuskler och hudens dermislager. Chordamesoderm, eller axiell mesoderm, utvecklas till olika delar av ryggraden.
En annan fördel med detta utvecklingssätt är att en coelom, eller kroppshålighet, bildas tidigt i processen. Inom denna hålighet finns det utrymme för de olika inre organen att utvecklas. När djuret är mogen, rymmer kroppshålan, som ligger i buken, de flesta av de vitala organen, vilket ger skydd för så ömtåliga och viktiga kroppsdelar som hjärta, lungor och tarmar. Slemhinnan i bukhålan, kallad bukhinnan, kommer också från mesodermen under tidig utveckling.