Inom området genetik studerar populationsgenetik hur ofta specifika kopior av gener – eller alleler – uppträder och hur de interagerar med andra alleler från andra gener. Den tittar också på hur evolutionsprocesser som naturligt urval och mutationer påverkar alleler. Distributionen av alleler kan antingen vara oberoende av andra alleler på en annan plats, eller så kan den påverkas av andra alleler. När fördelningen av en allel, eller alleler, inte är oberoende av andra alleler, kallas det länkojämvikt.
Evolution av en organism sker genom genetisk variation. Olika kombinationer av gener, och olika kombinationer av alleler av olika gener, leder till olika fenotyper av organismer. Det betyder att genetisk variation producerar organismer av en art som liknar varandra men kan se olika ut och fungera olika. Genetisk variation kan göra en organism mer eller mindre framgångsrik när det gäller överlevnad och reproduktion. Teorin om naturligt urval säger att evolution sker genom survival of the fittest, eller överlevnad av de som är mer framgångsrika i att föra vidare sina gener.
Gener är inte oberoende enheter som överförs av sig själva till avkomman. Istället påverkas gener av miljön såväl som av andra gener. Genetisk samanpassning är termen som används för att referera till hur väl gener interagerar med andra gener. Naturligt urval gynnar de alleler som interagerar bra med alleler av andra gener på olika platser i DNA:t. Genetisk samanpassning kan existera mellan alleler av vissa gener men inte andra.
Till exempel har gen A och gen B vardera två alleler, som är A1 och A2 respektive B1 och B2. Om en organism ärver A1 och B1 eller A2 och B2 kan den i detta exempel antas vara bättre anpassad för att överleva än om den ärver A1 och B2 eller A2 och B1. Detta innebär att genom naturligt urval skulle de genetiska kombinationerna av A1B1 och A2B2 gynnas eftersom organismen med dessa alleler är mer benägna att överleva och föröka sig. Som sådana sägs dessa alleler vara i kopplingsojämvikt eftersom de inte skulle överföras slumpmässigt till avkomman, utan istället gynnas vissa par.
Kopplingsojämvikt mäts genom att jämföra frekvensen av alleler inom en population, men det är inte permanent. Slumpmässig parning mellan organismer kan leda till en minskning av förekomsten av de länkade allelerna. Permanent kopplingsojämvikt kan uppstå om en kombination resulterar i en högre konditionsnivå hos en organism, till exempel när den andra kombinationen resulterar i en dödlig mutation i en zygot. Ju längre bort allalerna är desto svårare är det att upprätthålla ojämvikt i kopplingen.