Immunsystemets celler, såsom T-celler och B-celler, har proteiner på sin yta som gör att de kan känna igen främmande inkräktare och attackera dem. Områden på dessa proteiner kan variera från cell till cell, vilket gör att de kan reagera på en mängd olika hot. Ibland produceras T-celler och B-celler som reagerar på proteiner som uttrycks av kroppens egna celler, så kallade autoantigener. Klonal deletion är en process som gör att dessa celler kan neutraliseras innan de släpps ut i kroppen, där de potentiellt kan börja attackera frisk vävnad.
T-celler produceras i benmärgen, men de mognar i tymus, en körtel nära hjärtat, och B-celler produceras i benmärgen. Trots sina olika ursprungsplatser använder båda dessa celltyper en liknande metod för klonal deletion för att säkerställa att mogna immunceller som reagerar på autoantigener inte släpps ut i blodomloppet. Under mognadsprocessen kommer dessa celler i kontakt med ett begränsat antal celler, såsom makrofager och tymiska dendritiska celler. Dessa celler har en mängd olika ytproteiner, så kallade antigener, som de presenterar för immuncellerna, så att de celler som producerar en reaktion kan såras bort.
För att använda tymus som ett exempel, använder tymus dendritiska celler en presentationsprocess, vilket tillåter T-celler att försöka binda ytproteiner, för att screena dem för klonal deletion. Omogna T-celler som reagerar på dessa autoantigener bildar ett proteinkomplex med tymuscellen. I händelse av att detta proteinkomplex bildas utlöser det en självförstörande sekvens, kallad apoptos, i T-cellen, så att det inte mognar och kommer in i kroppen, där det potentiellt kan starta en skadlig reaktion om den stöter på en annan cell med det där proteinet.
Kroppen innehåller många andra typer av celler än de som ses i tymus och benmärg, så klonal deletion måste stå för autoantigener som normalt inte finns i dessa vävnader. Tymus gör detta genom att ha tymus dendritiska celler som innehåller ytproteiner som vanligtvis finns på andra ställen, till exempel i bukspottkörtelvävnad. Klonal deletion kan då ske med immunceller som normalt skulle reagera på dessa pankreasproteiner, och en liknande process reglerar B-cellerna som mognar i märgen. Vissa sjukdomstillstånd, såsom diabetes, kan delvis orsakas av att kroppen inte kan presentera hela spektrumet av kroppens antigener för mogna immunceller, vilket gör att dessa celler kan mogna och attackera frisk vävnad.