I veterinärmedicinens värld är kärnvacciner vacciner som starkt rekommenderas, och ibland till och med krävs. Vaccinprotokoll för ett brett spektrum av djur inklusive hundar, katter och hästar är vanligtvis uppdelade mellan kärn- och icke-kärnvacciner så att veterinärer kan säkerställa att deras patienter får de vacciner de behöver. För husdjursägare är det användbart att specifikt veta att ett rekommenderat vaccin är ett kärnvaccin, eftersom detta kommer att understryka vikten av att få vaccinet, tillsammans med uppföljningsboosters.
Hos katter och hundar är rabies förmodligen det vanligaste kärnvaccinet, eftersom rabies ses som en allvarlig risk. Hos katter är felint leukemivirus (FeLV) ett annat vanligt kärnvaccin, särskilt för katter som går utomhus. Andra kärnvacciner kan läggas till ett vaccinschema, beroende på var djuret bor. Hos hästar är sjukdomar som sömnsjuka, West Nile-virus och stelkramp vanligen inkluderade på listor över kärnvacciner.
Däremot rekommenderas helt enkelt icke-kärnvacciner, och de kanske inte är nödvändiga i alla fall. Vanligtvis använder veterinärer de regionala riktlinjer som utfärdats av en professionell förening för att bestämma vilka vacciner som ska administreras, och de kan diskutera icke-kärnalternativen med sina klienter. Till exempel, om ett djur går ombord mycket, är det lämpligt att skaffa ett icke-kärnvaccin mot bordetella, även känt som kennelhosta, men om ett djur stannar inomhus och aldrig går ombord, skulle ett bordetellavaccin inte vara nödvändigt.
Vissa regioner i världen kräver specifikt att djur får vissa kärnvacciner. Det vanligaste vaccinet som krävs är rabies, på grund av en önskan att kontrollera förekomsten av rabies över hela världen. I länder där rabies inte förekommer, som Storbritannien, måste alla djur som kommer in i landet komma med papper som visar att de har fått rabiesvaccinet och testats för att bekräfta förekomsten av antikroppar. När man diskuterar vaccinationsalternativ kommer en veterinär vanligtvis att se till att ägarna vet vilka kärnvacciner som krävs och vilka som helt enkelt rekommenderas starkt.
När man utvärderar vilka kärnvacciner som bör inkluderas i ett vaccinschema, utför tjänstemän vanligtvis en kostnads-nyttoanalys för att avgöra om nyttan med vaccinerna överväger risken med vaccination. Även om vaccinationer ständigt blir säkrare, medför de vissa hälsorisker, och denna analys är utformad för att ta hänsyn till det. Djurägare bör alltid rapportera biverkningar av vaccin så snabbt som möjligt, både av statistiska skäl och för att ge företag tid att återkalla vaccin, om de fastställer att mycket har äventyrats.