Jämförande anatomi är studiet av fysiska strukturer inom och över arter, släkten och livsklassificeringar på högre nivå. Begreppen homologa, analoga och rudimentala strukturer är grundläggande för och underbygger fältet. Förutom zoologi har den nära band till fylogeni, som handlar om arternas evolution, samt evolutionär biologi och paleontologi. Den informerar också om kladistik, den dominerande metodiken som används för att identifiera och klassificera förfäder och efterkommande arter av organismer i evolutionära grupper.
Den flamländska vetenskapsmannen Andreas Vesalius från 16-talet lade grunden för utvecklingen av jämförande anatomi med publiceringen 1534 av De Humani Corporis Fabrica Libri Septem – dvs. De sju böckerna om människokroppens struktur. Publiceringen av Fabrica, som det är känt för kort, lanserade en ny tradition av empiriska studier av anatomi och framväxten av modern jämförande anatomi, vars grundande tillskrivs den engelske 17-talets vetenskapsman och läkare Edward Tyson.
Skillnader och likheter i jämförande anatomi, nu utökad med studier av molekylärbiologi, är grunden för att etablera evolutionära relationer mellan och mellan arter. Studiet av jämförande anatomi har producerat starka bevis som stödjer evolutionsteorin. Organismer som har liknande anatomiska strukturer från embryo till vuxen form tros vara nära besläktade i evolutionära termer. Det antas också att de delar en gemensam förfader.
En av jämförande anatomis grundläggande begrepp är homologa strukturer. Homologa anatomiska strukturer är de som finns i organismer som är mycket lika i embryologisk utveckling och form men olika i funktion. Förekomsten av homologa strukturer tros antyda att organismerna är evolutionärt närbesläktade och delar en gemensam förfader. Frambenen på däggdjur – såsom ryggfenorna på valar och delfiner, frambenen på katter och hundar, och armar och ben på människor och andra primater – är exempel på homologa strukturer.
Anatomiska strukturer som finns i organismer som är olika när det gäller utveckling och morfologi men ändå likartade i funktion är kända som analoga strukturer. Skillnaderna i embryonal utveckling och slutlig form innebär att det inte finns något nära evolutionärt förhållande mellan de två organismerna och att de inte delar en gemensam förfader. Ett exempel på analoga strukturer är insekters och fåglars vingar.
Ett annat viktigt koncept är rudimentära strukturer. Anatomiska egenskaper som finns i en organism som inte längre fyller någon funktion kallas rudimentala strukturer. De är ofta reducerade i storlek, till exempel den mänskliga blindtarmen. Närvaron av särdraget i en organism och en rudimentär i en annan innebär att de två delar en gemensam evolutionär förfader och är nära besläktade i evolutionär mening. Valar, till exempel, har rudimentala bakbensben som liknar dem hos landdäggdjur.