Hypofysen styrs direkt av hypotalamus och består av olika områden som utsöndrar hormoner och kontrollerar olika kroppsliga processer. Hypofysens anatomi, tekniskt kallad hypofysen, har tre lober som en del av en bönstorlek; en främre, mellanliggande och bakre lob. Var och en producerar en separat uppsättning hormoner samtidigt som de utgör en annan strukturell komponent i körteln. Den främre hypofysen kallas adenohypofysen medan den bakre hypofysen kallas neurohpofysen. Ett knippe av nervfibrer leds genom den bakre sektionen som passerar bakom den främre hypofysen; nervaxoner från hypotalamus kommer sedan in i den främre sektionen.
Även om de är intrikat sammankopplade i hypofysens anatomi, kommer de främre och bakre segmenten från olika regioner i ett embryo. De är ändå intrikat förbundna med ett nätverk av nervceller och blodkärl. Hormoner från hypotalamus kommer in i blodet genom hypofysartären och in i olika kapillärer som leder till hypotalamus-hypofysiska portalvener. Dessa förgrenar sig till ett nät av kapillärer i den främre hypofysen, där hypofyshormoner kommer in från båda sektionerna och in i den allmänna blodcirkulationen. Den vaskulära strukturen gör det också möjligt för hormoner från hypotalamus att komma in i den främre hypofysen, men inte filtrera ut i den allmänna blodtillförseln.
Hypofysens huvudsakliga funktion är att frigöra hormoner i kroppen från hjärnan. Dess främre lob producerar flest hormoner i hypofysens anatomi, inklusive sådana för tillväxt, mjölkproduktion och för att stimulera binjurarna och sköldkörteln. Andra hormoner som är riktade till äggstockarna och testiklarna produceras också. Hypofysens mellanlob frigör ett ämne för att stimulera melanocyter som kontrollerar pigmenteringen av huden. I bakloben produceras ett hormon som gör det möjligt för njurarna att höja nivån av absorption av vatten i blodet, samt ett som kontrollerar livmoderns sammandragningar och mjölkproduktion.
Med ett mikroskop ser man hypofysens anatomi bestå av tre celltyper. Acidofiler, basofiler och kromofober skiljer sig åt genom sin kemiska sammansättning och de hormoner som finns i varje cell. Hypofysen är belägen vid basen av hjärnan i sella turcica, en fördjupning vid basen av skallen. Distinkt i struktur och sammansättning, gör hypofysens anatomi det möjligt för körteln att skicka de nödvändiga signalerna till varannan körtel i det endokrina systemet, för att kontrollera många funktioner.