Till skillnad från andra symboler för Iowa, såsom statens sigill och blomma, utsågs inte Iowas statliga flagga förrän på 20-talet. Mindre än 20 år efter att Iowa gick med i unionen utkämpades det amerikanska inbördeskriget, varefter delstatsmedborgare kände att den nationella flaggan var allt som behövdes. Flaggan designades 1917 som svar på förfrågningar från nationalgardets medlemmar om ett emblem för att representera dem. Efter en kort tids användning för detta ändamål antogs designen som statens flagga officiellt av statens generalförsamling 1921.
Iowa gick med i unionen som den 29:e staten 1846. Mellan då och 1917 hade flera grupper efterlyst en flagga för att representera staten. Belackare ansåg dock att utse en statlig flagga i Iowa skulle tjäna till att minimera betydelsen av USA:s nationella flagga. Denna känsla var särskilt framträdande under åren efter inbördeskriget, eftersom nationen nyligen återförenades och Iowanerna inte ville ge sken av att skilja sig från unionen.
1917 anslöt sig National Guard-enheter från Iowa till dem från andra stater i tjänst längs gränsen mellan USA och Mexiko. Gardisterna noterade att de andra regementena hade statliga flaggor för att representera dem, och de uttryckte en önskan om en egen flagga. Guvernör William L. Harding begärde utformningen av en statlig flagga i Iowa, ett projekt som genomfördes av den amerikanska revolutionens döttrar (DAR). DAR-medlem och Knoxville, Iowa, bosatt Dixie Cornell Gebhardt var ansvarig för flaggans sista framträdande.
Gebhardt valde en trefärgad bakgrund för statens flagga i Iowa, med lika stora vertikala ränder av blått, vitt och rött. Detta färgschema var en nick till den franska bakgrunden i staten, som förvärvades av USA som en del av Louisiana-köpet från Frankrike. Färgerna har också olika betydelser, där den blå står för rättvisa, lojalitet och sanning, den vita symboliserar renhet och den röda står för mod.
De blå och röda ränderna är solida, utan några mönster på dem. Den vita randen innehåller en örn, USA:s nationalfågel, som bär blå banderoller i näbben. Dessa banderoller har Iowas motto: ”Våra friheter vi värdesätter och våra rättigheter kommer vi att upprätthålla.” Genom att kombinera den nationella symbolen med statens motto, försökte Gebhardt visa att Iowa var en del av USA, inte en separat enhet. Det sista inslaget i statens flagga i Iowa är statens namn i röda versaler under örnen.
Efter att Iowan National Guardsmen använde flaggan under första världskriget antog staten den officiellt som Iowas delstatsflagga den 29 mars 1921. Statliga bestämmelser reglerar flaggans rätt storlek och visning, inklusive en bestämmelse om att alla skolor i staten måste flagga varje skoldag. Den amerikanska flaggkoden anger riktlinjer för visning med den nationella flaggan.