South Dakota kan vara en sällsynthet bland amerikanska stater när det tydligen finns tre officiella statliga flaggor av varierande design samtidigt. Den första designen av South Dakotas delstatsflagga visade sig i slutändan vara för kostsam att underhålla. Den ersattes av en liknande men billigare design 1963. En lag från 1992 ändrade South Dakotas smeknamn från ”The Sunshine State” till ”The Mount Rushmore State.” Lagstiftningen för både ändringarna 1963 och 1992 innehöll en bestämmelse om att alla tidigare flaggor som gjorts i enlighet med South Dakotas lag skulle förbli en officiell statlig flagga.
Varje version av South Dakotas delstatsflagga inkorporerade South Dakotas delstatssigill i sin design. Det som blev statens sigill designades före South Dakotas anslutning till unionen som den 40:e amerikanska staten 1889. Den ursprungliga designen av South Dakotas statsflagga antogs 1909. Designen skapades av Ida Anding McNeil, en lagstiftande bibliotekarie för South Dakota . Flaggan var dubbelsidig, med en flammande sol på ena sidan och South Dakotas stora sigill på den andra.
På 1909 års flagga är en sol i guld centrerad på en blå bakgrund. Ovanför solen, i cirkelbågen, är inskrivna med guldbokstäver ”South Dakota.” Under solen, likaså i cirkelbågen, är ”The Sunshine State” skrivet med guldbokstäver. På baksidan av solen är statens sigill tryckt på ett fält av mörkblått.
Statens sigill består av en cirkel där olika symboler för South Dakota visas. Delar cirkeln av sälen är en flod som en ångbåt färdas på. Till höger om floden plöjer en bonde en rad för plantering, och bortom bonden betar boskapen på en åker. Tvärs över floden ligger ett smältverk och snötäckta berg skymtar i fjärran. I toppen av cirkeln på en banderoll står statens motto: ”Under Gud regerar folket.”
1909 års flagga förblev staten South Dakotas flagga fram till 1963. Även om den fortfarande var en populär design, fastställde lagstiftarna vid den tiden att en flagga med ett emblem på varje sida var för dyrt att tillverka. De pekade på det faktum att det fanns få statliga flaggor och de sågs sällan flaggas. 1963 års lagstiftning placerade statens sigill i mitten av en tandad sol, och kombinerade därigenom båda symbolerna på ena sidan av flaggan. Den nya lagen lämnade intakt 1909 års flaggas status som en officiell statlig flagga.
1992 ändrade lagstiftaren South Dakotas delstatsflagga igen. Det ersatte frasen ”The Sunshine State” under statens sigill med ”The Mount Rushmore State.” I denna lagstiftning är 1963 års flagga fortfarande en officiell flagga. För närvarande är det enda officiella smeknamnet för South Dakota dock ”The Mount Rushmore State.”