Idahos delstatsflagga gick igenom tre olika versioner, eftersom de två första inte riktigt uppfyllde lagkraven. Den första flaggan togs i bruk 1907, men de ursprungliga specifikationerna uppfyllde inte lagstadgan. Stadgarna reviderades 1927 för att klargöra att den fullständiga statens sigill skulle inkluderas på flaggan, men vissa delar av designen var fortfarande inte standardiserade. År 1957 godkändes en förbättrad version av statssigillet, och frågor om förseglingen avgjordes. Utformningen av flaggan baserades på en tidigare militär banderoll.
Som med många andra delstatsflaggor har Idahos delstatsflagga sitt ursprung som en militär banner. 1898 skickade Idaho två bataljoner för att slåss i det spansk-amerikanska kriget. Strax innan dessa män gav sig av för att slåss fick de en flagga från kvinnorna i Idaho. Regementet bar denna flagga under hela kriget; den visas för närvarande i Idahos huvudstad.
Denna första flagga designades av överste Charles H. Irvin och skapades av nålarbetare i Chicago. Den var gjord av militärblått siden med Idaho State-sigillen broderad i mitten med hjälp av färgade sidentrådar. En guldkant finns på tre sidor av flaggan.
År 1907 beslutade Idahos lagstiftande församling att skapa en officiell statsflagga och valde en design som mycket liknar den militära banderollen. Det var Idahos generaladjutant jobb att skapa denna flagga. Den enda större förändringen av flaggan var att den nya flaggan i stället för regementsnamnet skulle innehålla statens namn.
Måtten på den första flaggan var 5 fot 6 tum (1.67 meter) bred och 4 fot 4 tum (1.32 meter) på höjden. Fransen var 2.5 tum (6.35 cm) bred och statens sigill hade en diameter på 21 tum (53.34 cm), placerad i mitten av flaggan. Bokstäverna för frasen ”State of Idaho” var 2 tum (5.08 cm) höga på ett rött band som var 29 tum (73.66 cm) långt och 3 tum (7.62 cm) högt. Bandet placerades 8.5 tum (21.59 cm) ovanför flaggans nedre kant.
De specifikationer som generaladjutanten lämnade skilde sig egentligen från vad som fanns i 1907 års lag. Den största skillnaden var att hela statens sigill inte användes, bara bildinformation utan ord. 1927 införlivades generaladjutantens specifikationer i lagen och ersatte dem från 1907 års stadga. Kontroverserna om Idahos delstatsflagga fortsatte fram till 1957, allt baserat på representationen av statens sigill. Det året godkände delstatens lagstiftare en ny version av statens sigill, som användes på Idahos delstatsflagga från denna tidpunkt och framåt.
Bilder på sigillen av Idahos delstatsflagga representerar huvudnäringarna i staten: skogsbruk, jordbruk och gruvdrift. Gruvarbetaren på sigillen representerar mineralrikedom och gruvdrift. Frukten och grönsakerna och vetekärven representerar jordbruk. En ensam tall representerar träindustrin och en älg representerar vilda djur från skogsbruket.