Glutenfri müsli är en frukosträtt som serveras med rå havregryn eller havregryn, nötter, frön, färsk mjölk och olika sötningsmedel och kryddor för att få fram den övergripande smaken. Vissa individer på en glutenfri diet kan konsumera havren i vanlig müsli om de inte lider av celiaki; detta varierar dock mellan individer. Eftersom de flesta havre som säljs kommersiellt är tillverkade med veteprodukter, kan majoriteten av müslin som säljs eller tillverkas inte ätas av personer med celiaki. Müsli måste göras med okokt och certifierad glutenfri havre för att det ska vara säkert för dem med glutenintolerans.
Normal müsli, en vanlig hälsosam frukostvara gjord av rå och blötlagd havre, har ofta mycket låg glutenhalt, ett protein som finns i vete, knappt och råg. Havre är naturligt glutenfritt; under bearbetningen blir havre dock ofta korskontaminerat med vete och andra glutenhaltiga spannmål. Detta kan leda till biverkningar hos personer med glutenintolerans och kan ge allvarliga problem hos dem som lider av celiaki. Glutenfri müsli är gjord av certifierad glutenfri havre som har bearbetats i en anläggning fri från vete och andra glutenhaltiga livsmedel.
Vissa glutenfria müslirecept innehåller en liten portion havre, med frukt, nötter och frön, såväl som färsk grädde eller mjölk, för att ge mer bulk till maträtten. Med denna typ av müsli kan det vara möjligt för en individ med högre tolerans för gluten att konsumera det utan att uppleva negativa effekter. Glutenfri müsli färdiggjord och färdigförpackad måste märkas som glutenfri och vara certifierad innan någon med hög glutenintolerans eller celiaki kan äta den. Oftare än inte innehåller glutenfri müsli också torkad frukt för att ge mer bulk till rätten och minska beroendet av en hög andel havre.
Glutenfri müsli kan göras ganska enkelt utan någon form av havre alls. Bovetegryn, såväl som brunt ris, kan användas i stället för havren i de flesta müsli-recept. Dessa ingredienser måste tillagas för att kunna konsumeras, men de är naturliga glutenfria alternativ som vanligtvis inte bearbetas med vete. Andra alternativ till havre inkluderar blötlagda och malda linfrö och blötlagda och kokta quinoa. Det är inte ovanligt att glutenfria versioner av müsli inkluderar dessa alternativ till havre, eftersom det minskar risken att konsumera även spårmängder av gluten.