Fullkorns chokladkakor görs vanligtvis med fullkornsmjöl istället för raffinerat vitt eller allsidigt mjöl. Vissa recept på fullkornschokladkakor kan också innehålla andra spannmål, såsom havre. Kakorna kan också ha mindre socker än vanliga chokladkakor. Som med vanliga chokladkakor innehåller fullkornskakor även smör och kan innehålla ägg.
En kock kan välja att använda vanligt fullkornsmjöl för att göra en sats fullkorns chokladkakor. Vissa kockar tycker att vitt fullkornsmjöl, som är gjort av en annan variant av vete, ger kakorna en lättare smak och slätare konsistens än vanligt fullkornsmjöl. Ett annat alternativ är att använda fullkornsdegsmjöl som är finmalt. Vanligt fullkornsmjöl har en stark smak som kan vara stötande för vissa.
Förutom fullkornsmjöl innehåller vissa typer av fullkorns chokladkakor andra typer av spannmål. En kock kanske vill lägga till havregryn eller havre som har malts i en matberedare till kakorna istället för lite av hela vetemjölet. Havren ger kakorna en nötaktig smak och ger även lite konsistens.
Många recept på fullkorns chokladkakor strävar efter att vara hälsosammare än recept på vanliga kakor. Receptet kan kräva mindre socker än vanligt, även om det inte alltid är fallet. Vanligtvis kräver chokladkakorrecept både brunt och vitt strösocker.
Andra ingredienser i fullkorns chocolate chip cookies finns också i vanliga chocolate chip cookies. Smör spelar en viktig roll för att smaksätta kakorna och hålla ihop dem. Vissa recept kan kräva kylt smör som skärs i degen, medan andra kräver mjukat smör som kräms med sockret.
Vanligtvis innehåller kakorna ägg, även om några recept utelämnar ägget helt. Vissa recept kan kräva en äggersättning, såsom stärkelse eller linfrön. Andra nämner inget om att ersätta ägget. I vissa fall kan ett recept kräva att man använder ett helt ägg och en äggula.
Storleken på fullkorns chokladkakor kan variera. Vissa kakor är små, medan andra använder mycket deg per skopa. En kock som inte vill dela ut degen till individuella kakor kan välja att sprida det hela i en stekpanna eller ugnsform och baka en stor kaka som kan skäras som brownies.