En tillfällig ileostomi används för att avleda tarminnehåll bort från en del av tarmen som kan ha behövt läka efter operation för att ta bort en cancer, till exempel. En del av tunntarmen, eller ileum, kommer att ha förts upp till ytan och öppnats mot huden genom ett hål som kallas stomi, vilket gör att avfallsmaterial kan samlas upp i en påse. När det är dags för tarmen att sammanfogas igen, kommer proceduren att variera beroende på vilken typ av ileostomi som ursprungligen skapades. En enkel borttagning av loopileostomi kan innebära att två öppna ändar av tarmen skärs bort från huden, sys ihop dem igen och förs tillbaka till buken. En slutlig ileostomi-borttagning är mer komplicerad eftersom, efter att en bit av tarmen har lossats från stomin, måste den förenas med en bit av tarmen som är inne i buken, vilket kräver att antingen ett buksnitt eller nyckelhålsoperation utförs.
För patienter som har genomgått en ögle-ileostomi, kommer en ögla av tunntarmen att ha dragits ut genom ett hål i buken och skurits på mitten, så att de två avskurna ändarna öppnas ut genom stomin. Proceduren för borttagning av ileostomi kan endast utföras när tarmen har läkt helt och sfinktermusklerna som kontrollerar passagen av avföring ut ur kroppen fungerar adekvat. Patienter kan träna övningar för att tona analsfinktermusklerna under veckorna fram till operationen. För att tillåta svullnad och ärrvävnad att sätta sig, kan ileostomiborttagning vanligtvis inte utföras förrän cirka nio veckor har gått efter den ursprungliga operationen.
Mindre än en timme behövs för att utföra själva ileostomiborttagningen, men en vistelse på upp till fem dagar på sjukhuset kan krävas. Vanligtvis är endast vätska tillåten dagen före operationen, och ingenting alls efter midnatt. Kirurgen skär genom huden och ner i buken och gör ett cirkulärt snitt som går hela vägen runt stomin. Båda ändarna av tarmen häftas eller sys sedan ihop och placeras tillbaka in i bukhålan, med endast ett litet sår kvar i huden på buken. Efter proceduren är det normalt att endast ha vätska till en början och långsamt övergå till fasta ämnen dagen efter operationen.
Patienter som har genomgått en slutileostomi behöver vanligtvis tillbringa ett större antal dagar på sjukhuset, kanske upp till tio, och återhämtningen tar vanligtvis längre tid. Operationen för borttagning av ileostomi kan innebära att buksnittet öppnas igen från den ursprungliga operationen för att nå ena änden av tarmen. Denna kan sedan förenas med den andra änden av tarmen som har lossnat från stomin. Ibland kan en slutileostomi vändas med laparoskopisk eller nyckelhålskirurgiteknik.