Ett hotat ekosystem är en naturlig miljö som hotas av kollaps och försvinnande bland annat på grund av mänsklig aktivitet, föroreningar och arters utrotning eller överbefolkning. Levande och icke-levande varelser interagerar, bildar ömsesidigt beroende relationer och utbyter energi och materia i ekosystem som kan vara lika stora som planeten eller små som en fiskskål. När det ömsesidiga beroendet mellan en miljös arter och fysiska och kemiska faktorer störs, blir ekosystemet hotat och kan eventuellt sönderfalla helt. Konsekvenserna av ekosystemkollaps inkluderar massutrotning, artpopulationer som växer utom kontroll, störningar av mänskliga livsmedelsförsörjningar, erosion, översvämningar, accelererande klimatförändringar och sönderfall av stora delar av den naturliga miljön.
Det finns många naturliga och mänskliga orsaker till ett hotat ekosystem, orsaker som ofta stör ett ekosystems näringskedja och fysiska miljö. Överfiske av en viss vattenlevande art som hajar eller blåfenad tonfisk kan skadligt påverka en näringskedja genom att utarma stora rovdjur som hindrar mindre artpopulationer från att stiga utom kontroll. Utan stora rovdjur kommer många arter att häcka bortom den omedelbara miljöns förmåga att försörja dem, vilket resulterar i resurs- och livsmedelsminskning och ett hotat ekosystem.
När resurserna i det nuvarande ekosystemet är uttömda kan en överavlad art flytta till en ny miljö där den kan bli invasiv och destruktiv. Arter kan också introduceras i ett ekosystem av människan i ett försök att kontrollera populationen av ett inhemskt djur eller insekt men har en störande effekt istället.
Föroreningar kan ha en dominoeffekt på ett hotat ekosystem genom att förstöra den fysiska miljön och döda eller mutera arter. Till exempel kan en förorening som införs i ett akvatiskt ekosystem döda de växter som de större fiskarna och kräftdjuren konsumerar. Dessa växtätande arter börjar dö och utarmar därmed födokällorna för systemets köttätande rovdjur som också dör i stora mängder eller migrerar till ett nytt ekosystem i jakt på näring. Dessutom kan föroreningar få ett ekosystems arter att mutera vilket resulterar i allt från infertilitet till extra lemmar och förödande fysiska defekter.
Konstruktion, utveckling och andra mänskliga aktiviteter inklusive jakt kan resultera i ett hotat ekosystem. Felaktigt skött eller överdriven jakt kan försvaga populationen av en art genom att djur avlägsnas snabbare än de kan häcka och därmed avbryta näringskedjan. Konstruktion och utveckling kan förstöra ett ekosystems fysiska miljö som de levande arterna är beroende av för att överleva. Om inte det hotade ekosystemets arter framgångsrikt kan flyttas kan de hotas av utrotning.