Ett antikroppskonjugat är en märkningsmolekyl som kan användas i histologiska eller enzymatiska antigendetektionsanalyser för att lokalisera bundna antikroppar. Den fungerar genom att vara fysiskt fäst, eller konjugerad, till antikroppen som används för att märka ett antigen av intresse. En antikropp som är taggad till ett antikroppskonjugat är ett verktyg som ofta används i forskning för att identifiera antingen den exakta platsen eller mängden av proteiner eller antigener av intresse, mot vilka antikroppen eller antikropparna har tagits fram.
Histologiska och proteomiska analyser förlitar sig ofta på antikroppar som ett reagens i forskningstekniker med vilka specifika proteiner kan märkas. Genom att exponera ett antigen eller protein av intresse för en antikropp som tagits fram mot det, kan antigener eller proteiner märkas. Genom att använda ett antikroppskonjugat – det vill säga en antikropp som har konjugerats till en molekyl som specifikt används eller syntetiserats för att lätt kunna upptäckas – kan antikroppar på deras respektive antigener sedan identifieras och analyseras. Den vanligaste typen av antikroppskonjugat är en fluorescerande molekyl, vilket möjliggör identifiering av antigener i vävnad under ett fluorescerande mikroskop. Andra konjugat inkluderar molekyler som pepparrotsperoxidas, som används i konjugering med antikroppar för senare utveckling med diaminobensidin (DAB).
Ofta kommer primära antikroppar att framkallas mot specifika antigener, medan sekundära antikroppar kommer att konjugeras till taggningsmolekyler och framkallas mot den primära antikroppen. Som ett exempel kan man vara intresserad av att identifiera ett antigen som heter Antigen X. Man skulle då använda till exempel en antikropp uppväxt i en mus som reagerar och fastnar på Antigen X. För att kunna hitta var dessa primära musantikroppar har hittats och bunden till dessa Antigen X-molekyler, skulle en sekundär antikropp sedan användas – till exempel en uppfödd i en get – som skulle märkas med ett konjugat som gör denna sekundära antikropp detekterbar i antingen enzymatiska eller fluorescerande mikroskopiska analyser. För analyser av lokalisering av antigener med hjälp av ett elektronmikroskop används guldpartiklar ofta som ett antikroppskonjugat eftersom de kan detekteras med hjälp av en elektronstråle.
Anledningen till att använda primära och sekundära antikroppar, istället för att använda en antikroppskonjugation där den primära antikroppen är direkt konjugerad, är kostnadseffektivitet. Antikroppskonjugering är dyrt i termer av tid och reagens. Speciellt för ovanliga antigener är antikroppskonjugering på primära antikroppar inte värt kostnaden för produktionen. Snarare, genom att använda antikroppskonjugering på sekundära antikroppar, kan stora mängder av en konjugerad antikropp syntetiseras på en gång och användas i analyser med en rad primära antikroppar skräddarsydda för att lokalisera många olika antigener, vilket gör produktionsprocessen värdefull och kostnadseffektiv.
I vissa fall kommer dock en primär antikropp att märkas för att minska bruset i detektionssignalen på grund av den ökade ospecifika antikroppsbindningen som är ett resultat av användning av flera antikroppar. Även om dessa dyra, mycket känsliga analyser fortfarande kräver denna metod. Det är möjligt att köpa kit som gör det möjligt för en forskare att märka konjugat till sin egen valda antikropp, vilket ökar kostnaden för reagenset, men minskar protokollstegen och eventuellt ökar signal-till-brus-förhållandet i den slutliga antikroppsdetektionsanalysen.