Ett aerobt septiksystem är ett septiskt system där bakterier uppmuntras att växa i syfte att ytterligare bryta ner avloppsvattnet från det septiska systemet innan det släpps ut. Dessa septiska system kräver mindre utrymme och kan användas när en konventionell anaerob septik inte passar eller inte är praktisk. De kan också användas för att eftermontera eller fixa ett konventionellt septiksystem som har börjat fungera felaktigt. Många företag tillverkar aeroba septiska system, och de kan installeras av VVS- och septikproffs.
Den initiala bearbetningen i ett aerobt septiksystem liknar det i ett konventionellt system, med avloppsvatten som strömmar in i en tank som tillåter fasta ämnen att sedimentera till botten medan vätska strömmar in i en sekundär tank. I denna tank håller fläktar luften i rörelse så att aeroba bakterier kan frodas, och de behandlar avloppsvattnet som rinner ut genom ett annat rör. I vissa regioner måste avloppsvattnet steriliseras med en kemikalie som blekmedel innan det kan släppas ut, för att döda mikroorganismerna i avloppsvattnet.
Mindre utrymme krävs med ett aerobt septiksystem eftersom systemet behandlar avloppsvatten mycket snabbt, tack vare mikroorganismerna som gör jobbet. Systemet kan dock vara dyrt att driva och underhålla. Det behövs elektricitet för att driva luftfläktarna och omröraren i tanken, och man måste se till att balansen av mikroorganismer i tanken är frisk, vilket innebär att människor måste vara försiktiga med vad de avsätter i septiksystemet; om de använder blekmedel på sina toaletter regelbundet kan det till exempel störa bakterierna.
I vissa regioner får människor endast installera ett aerobt septiksystem om de är villiga att förbinda sig till ett underhållskontrakt med ett certifierat företag. Detta krav är resultatet av oro för allmänhetens säkerhet, för om det aeroba septiska systemet inte underhålls ordentligt kan det leda till spridning av sjukdomar från orenat avloppsvatten. Företag som installerar sådana system är ofta kvalificerade att utföra underhåll, och de kan upprätta ett underhållskontrakt vid installationstillfället.
Dessa system är i första hand utformade för småskalig användning, fungerar som ett vattenreningsverk i miniatyr för en enda bostad, och de används främst på landsbygden. Det resulterande steriliserade avloppsvattnet kan användas för trädgårdsskötsel eller landskapsarkitektur och bör inte appliceras på livsmedelsgrödor, bara i fall att några mikroorganismer har lyckats ta sig hela vägen genom systemet.