Vad är en RNA-promotor?

En RNA-promotor är en sekvens av nukleotider som föregår en gen som kodar för ribonukleinsyra (RNA). Denna sekvens är lokaliserad i deoxiribonukleinsyran (DNA) i en cell, och som alla promotorer hjälper en RNA-promotor till att underlätta gentranskription. Skillnaden mellan denna typ av promotor och andra typer av promotorer är att medan många gener som följer en promotor kodar för minnes-RNA (mRNA), gener efter en RNA-promotor kodar för ribosomalt RNA (rRNA), som används i ribosomerna för att hjälpa till att översätta mRNA till proteiner. RNA-promotorer finns i den genetiska informationen från alla eukaryota celler, så alla organismer förutom bakterier och virus har dem. Denna promotor kan kännas igen av proteiner som binder till både dess nukleotidsekvens och enzymet som ansvarar för transkription, vilket påskyndar hastigheten med vilken transkription äger rum.

RNA-promotom tillhandahåller sin funktion genom att tillhandahålla ett bindningsställe för RNA-polymeras I, enzymet som transkriberar rRNA, såväl som associerade transkriptionsfaktorer. Promotorsekvensen på DNA:t är annorlunda än de flesta gener, som använder en tymin- och adeninserie av nukleotider som kallas en TATA-box. RNA-promotorn har istället en sekvens som kallas en uppströms kontrollsekvens (UCS) som känns igen av ett protein som kallas uppströms bindningsfaktor (UBF). Efter att de är bundna bildas ett större proteinkomplex, som kallas transkriptionsinitieringsfaktor-IB (TIF-IB). TIF-IB består av det TATA-bindande proteinet (TBP) som används i andra promotorer, såväl som andra transkriptionsfaktorenzymer. De andra närvarande enzymerna hjälper TBP att binda till UBF, eftersom, som nämnts ovan, det inte finns någon TATA-box på rRNA-kodande DNA-sekvenser som den kan binda till.

Efter att TIF-IB-komplexet är bundet uppströms från genen som kodar för rRNA, fosforyleras det, vilket aktiverar komplexet och gör att det kan rekrytera och binda RNA-polymeras I. Detta är det enda enzymet som kan transkribera DNA-sekvens som kodar för rRNA och som sådan den enda polymerastypen som använder RNA-promotorn. Den binder till en del av promotorkomplexet som består av proteinet TBP-associerad faktor-IA och kan sedan i sin tur binda till DNA-sekvensen nedströms från promotorkomplexet som kodar för rRNA. Genom denna promotor kan RNA-polymeras I hitta de nödvändiga DNA-sekvenserna för att transkribera mycket snabbare än om det behövde lokalisera dessa sekvenser på egen hand, så denna promotor är ett sätt att reglera hastigheten för rRNA-transkription.