Primär infektion har två betydelser och kan relatera antingen till de första tecknen på att en person/levande sak har blivit smittad eller till en hierarki av infektioner som börjar med en enstaka sjukdom. I den andra definitionen kan en person med ett virus som en förkylning få en bakteriell infektion i bröstet som bronkit. Dessa kan vara märkta primära och sekundära infektioner som båda härrör från den ursprungliga förkylningen. Å andra sidan kan primär infektion till följd av första kontakt med en virus- eller bakteriekälla innebära de första tecknen på den infektionen. Dessa identifieras ofta som specifika symtom.
De första symtomen på en sjukdom eller en primär infektion identifieras ofta i sjukdomar som fortsätter att leva i kroppen och blir kroniska. Genital herpes är en av dessa sjukdomar. Sår som utvecklas på könsorganen eller omgivande områden markerar vanligtvis den första infektionen efter exponering, och dessa kan pågå i flera veckor. Andra symtom som huvudvärk, värk, influensaliknande känslor, feber eller svullna körtlar kan också förekomma och kanske inte förekommer så ofta i efterföljande uttryck av sjukdomen.
När människor får herpesblåsor igen kallas tillståndet för återkommande istället för att kallas en primär infektion. Det första svaret på virussmitta är primärt, och alla andra uttryck av sjukdomen är återkommande, vilket visar dess kroniska natur. Andra sjukdomar som har en primär infektion inkluderar tillstånd som hiv/aids, andra herpesvirus som vattkoppor och vissa former av hepatit. Det bör noteras med alla dessa att symtom som uppstår vid initial exponering kan vara lite annorlunda än hur sjukdomen uttrycks senare; de är det första immunsvaret på exponering för ett smittämne.
Det finns många fall där primär och sekundär används för att beskriva en sjukdom som orsakar flera infektioner. Dessa infektioner är ofta virala/bakteriella till sin natur. Många människor får virus som försvagar immunförsvaret och som sannolikt leder till sekundära bakterieinfektioner. Den primära infektionen är alltså det ursprungliga viruset, men dess förmåga att predisponera människor att ta upp bakterieinfektioner kan innebära att läkare är på alerten.
Med ett virus som genital herpes kan dålig vård av såren ibland leda till hudinfektion eller cellulit. Medan en läkare inte skulle behandla en herpesinfektion med antibiotika eftersom den är av viralt ursprung, kan han använda antibiotika om herpesblåsor blir infekterade för att döda den sekundära infektionen. Antibiotikan skulle inte ha någon effekt på den primära infektionen men de skulle kunna åtgärda en sekundär.
Många influensavirus är benägna att orsaka sekundära infektioner som bronkit, lunginflammation eller sinus- och öroninfektioner. Återigen kan antibiotika användas för att ta itu med dessa. Ändå skulle de inte bli av med influensan, som är viral. Människor som är mer benägna att få sekundära infektioner av denna typ kan ha nedsatt immunförsvar, och hos medicinskt sårbara är det mycket viktigt att se efter sekundära infektioner vid vissa sjukdomar