En hypotes är en förklaring till ett fenomen som kan testas på något sätt som helst antingen bevisar eller motbevisar det. Under testets varaktighet anses hypotesen vara sann, och målet för forskaren är att noggrant testa dess termer. Konceptet är en mycket viktig del av den vetenskapliga metoden, och det gäller även inom andra discipliner. Till exempel har vissa historiker lagt fram hypotesen att Salems häxprocesser orsakades av konsumtion av spannmål förorenade med mjöldryg, vilket resulterade i en masshysteri.
När någon formulerar en hypotes gör han eller hon det med avsikten att testa den, och han eller hon bör inte veta resultatet av potentiella test innan hypotesen görs. När man formulerar en hypotes hålls idealen för den vetenskapliga metoden ofta i åtanke, så den är utformad för att kunna testas på ett sätt som skulle kunna replikeras av andra människor. Den hålls också tydlig och enkel, och hypotesen bygger på känd information och resonemang.
En hypotes behöver inte vara rätt eller fel, men den som formulerar den måste vara beredd att testa teorin till dess gränser. Om någon antar att exponering för X orsakar Y hos laboratorieråttor, till exempel, måste han eller hon se om exponering för andra saker också orsakar Y. När forskare publicerar resultat som stöder en hypotes beskriver de ofta de steg de tog för att försöka motbevisa det såväl som stegen som bekräftade det, för att göra fallet så mycket starkare.
I vissa fall visar sig en hypotes vara felaktig, och detta anses vara helt acceptabelt, eftersom det fortfarande främjar vetenskapens sak. I exemplet ovan, till exempel, genom att visa att exponering för X inte orsakar Y, kan en forskare illustrera att ytterligare forskning om Y behövs. I det här exemplet betyder det faktum att hypotesen är fel inte nödvändigtvis att ämne X är säkert, eftersom ämne X fortfarande kan orsaka något annat.
Det är också möjligt att en hypotes visar sig vara ofullständig efter testning. Detta kan bero på att en forskare saknar de nödvändiga verktygen för testningen, vilket tyder på att avancerade vetenskapliga tekniker skulle kunna användas i framtiden för att testa idén. Det kan också vara resultatet av att man inte har tillräckligt med information, eller en hypotes som helt enkelt är dåligt utformad och svår att testa.