En hermafrodit beskriver en person som föds med både kvinnliga och manliga fysiska egenskaper. Men intersex blir i allt högre grad en mer populär beskrivning när man hänvisar till individer i detta medfödda tillstånd. En hermafrodit kan födas med båda könsorganen eller kan födas med ett huvudkönsorgan, men har en del av ett andra motsatt organ. Utöver synliga egenskaper kan andra fysiska egenskaper också göra att en person definieras som intersex, såsom de kromosomala skillnaderna som är uppenbara vid Klinefelters syndrom där en man föds med två X-kromosomer och en Y-kromosom.
Hermafroditetiketten appliceras inte bara på människor, utan används ofta för att beskriva vissa växtarter, såväl som andra djur som har båda könsorganen. Historiskt sett genomgår människor födda med detta tillstånd ofta operation under spädbarnsåldern. Operation är avsedd att eliminera ett av könsorganen och därmed göra barnet anatomiskt till antingen kvinna eller man.
Vissa, som Intersex Society of North America, anser att hermafrodit är en föråldrad och felaktig beskrivning av intersexindivider. Vanligtvis används det för att beskriva människor som tros vara, fysiskt, både kvinnor och män. Människor som är födda med egenskaper av båda könen kan dock inte lika lätt avbildas som helt kvinnliga samtidigt som de är helt manliga. Specifikt kan en person som vissa kan hänvisa till som en hermafrodit faktiskt födas med ett yttre manligt utseende, men ändå ha kvinnliga inre organ eller vice versa.
Det finns ett antal andra medfödda variationer som gör att vissa undviker hermafroditetiketten. Till exempel kan en nyfödd flicka födas utan slidöppning eller kan födas med en förstorad klitoris, som kan tyckas vara en liten penis. En nyfödd pojke kan födas med en pung som är formad som blygdläpparna.
En annan beskrivning, som en gång definierades som en äkta hermafrodit, tillämpas på individer födda med könskörtlar som består av såväl testikel- som äggstocksvävnad. Idag hänvisar läkare oftare till detta intersextillstånd som ovotestes. Vissa människor kan ha två äggstockar eller kanske bara en som är parad med en annan äggstock. Spädbarn som föds med ovotestes verkar ofta ha normala kvinnliga eller manliga könsorgan, medan vissa verkar ha könsorgan som verkar vara en kombination av båda.
Medicinsk vetenskap har upptäckt att individer som vid ett tillfälle kan ha beskrivits som en hermafrodit faktiskt kan födas med flera kvinnliga och manliga könsorganvariationer. Detta har lett till den vanligare användningen av termen intersex som sådana individer märks med idag. Vissa personer som är födda med detta tillstånd har dock valt att anamma den tidigare etiketten, medan andra tycker att det är stötande.