En fluorofor är den del av en molekyl som ansvarar för att skapa en fluorescerande emission i det synliga ljusspektrumet. Kända som kromoforer, absorberas olika våglängder av ljus av fluoroforer, vilket skapar ljuset som är synligt. Detta är i huvudsak en region där banorna för två olika molekylers elektroner är belägna. Ljuset påverkar denna region och exciterar elektronerna för att skapa ljuset. I fallet med en fluorofor orsakar detta stimulering av en mindre energisk våglängd.
Fotoner absorberas av fluoroforspektrumet, men istället för att skapa en högre spänningshastighet i elektronen, producerar den en lägre hastighet. Detta orsakar ljusa bilder som vanligtvis förknippas med fluorescens. I huvudsak, ju starkare exponeringsljuset är, desto mindre fluorescens ses. Det är anledningen till att många fluorescerande färger ses bäst i ljuskällor som svarta ljus.
Fluoroforer kan finnas naturligt eller introduceras med konstgjorda metoder. Många fiskar och stenar upprätthåller naturliga nivåer av denna kromofor. Det är dock mest utbrett i forskarsamhället när det används för forskning. Det hjälper till med analysen av vissa egenskaper hos material, vilket gör det möjligt för forskare att identifiera reaktioner och förändringar inom biokemi och proteinstudier. Till exempel använder disciplinen immunfluorescens tekniken för att hjälpa till att märka antigener och antikroppar på subcellulär nivå.
Den vanligaste fluoroforen i forskningen är fluoresceinisotiocyanat, ett ämne som kemiskt kan bindas till molekyler. Detta ger forskarna ett sätt att visualisera förändringarna i icke-fluorescerande ämnen. Andra exempel inkluderar kumarin, cyanin och rhodamin. Vissa ämnen som använder fluorescens kan ha negativa effekter på forskningen på grund av förändringar i pH-nivåerna. Allt eftersom forskningen fortskrider utvecklas nya färgämnen, var och en med olika applikationer som möjliggör mindre påträngande förändringar av molekyler.
Förutom ren vetenskap har fluoroformodifiering blivit ett populärt sätt att marknadsföra produkter till konsumenter. Ett primärt exempel på detta är GloFish™, genetiskt modifierad zebrafisk som finns att köpa i röd, grön eller orange fluorescerande färger. 1999 försökte forskare från National University of Singapore skapa en fisk som kunde upptäcka föroreningar. Genom att slå samman det gröna fluorescerande proteinet från en manet med zebrafisken uppvisade djuret en ljus fluorescens, särskilt under svarta ljus. Snart upptäcktes det att ytterligare attribut från andra källor, som havskoraller, kunde användas för att skapa nya färger, vilket öppnade vägen för levande fluorescerande djur att säljas som husdjur.