En encellig organism är vilken livsform som helst som bara består av en enda cell. Denna grupp inkluderar det mesta livet på jorden, med bakterier som är majoriteten. De huvudsakliga grupperna av encelligt liv är bakterier, archaea (båda prokaryoter) och eukaryota (eukaryoter). Skillnaderna mellan prokaryota och eukaryota är betydande: eukaryoter har en kärna, medan prokaryoter saknar den, och eukaryoter har en rad subcellulära organ som kallas organeller, medan prokaryoter är mycket minimala.
Människor kan observera de större encelliga organismerna, såsom amöbor, genom att använda de högre inställningarna på ett ljusmikroskop. Bakterier är så små att de bara visas som prickar under sådan förstoring. För att samla dem för observation kan en person placera ett täckglas på ytan av dammvatten och lämna det över natten. Nästa morgon kommer många organismer att ha odlat hela kolonier på botten av slipen. De replikerar snabbt: kolonier kan fördubbla sin storlek på mellan 30 minuter och några timmar.
Encelliga organismer lika olika som de är allestädes närvarande. De äldsta livsformerna, de fanns för 3.8 miljarder år sedan, om inte längre. De följer en mängd olika strategier för överlevnad: fotosyntes (cyanobakterier), kemotrofi (många arkéer) och heterotrofi (amöba). Vissa har flageller, små svansar de använder för att röra sig, eller lobopoder, förlängningar av cellskelettet (cytoskelettet), som visas som bloblike armar. Flagellerna från människornas encelliga förfäder hålls kvar ända upp i djuren, där den framträder som flagellerade spermier.
Av alla sex eukaryota supergrupper är fyra uteslutande sammansatta av encelliga organismer. Endast opisthokonterna, bestående av djur, svampar och nära släktingar, och arkaeplastider, bestående av både encelliga och flercelliga växter, är undantag. Dessa organismer varierar i storlek, med de minsta bakterierna som mäter 300 nanometer i diameter, och sträcker sig upp till de titantiska plasmodiella slemmöglarna, som kan växa till 8 tum (20 cm) i diameter. De största kan ha miljontals kärnor utspridda i cellhöljet. För att observera några av de minsta krävs ett dyrt elektronmikroskop, medan det allra största kan ses med blotta ögat.