En barockorgel är en piporgel byggd i en viss stil och enligt vissa specifikationer under barocktiden. Denna period varade från omkring 1685 till 1750. Det fanns många innovationer inom konst, musik och arkitektur under denna tid, och utformningen av piporgeln förändrades dramatiskt, vilket ökade dess storlek, kraft och musikaliska utbud. Välkända barockkompositörer som Johann Sebastian Bach i Tyskland samarbetade med orgelbyggare för att producera vad som anses vara några av de finaste orglar som någonsin tillverkats.
Barockmusiken var mycket utsmyckad och rikt strukturerad. Barockorgeln, som oftast förknippas med religiös musik, var mycket kraftfullare än sina föregångare från renässansen. Det användes ofta som ett soloinstrument, eller en del av ett ”concerto grosso”, två eller flera soloinstrument ackompanjerade av en orkester. Bachs St. Matthews Passion, med två orglar i kompositionen, skrevs 1727 och anses vara ett av mästerverken i västerländsk helig musik.
Som utvecklats under barocken kom orgeln att bli en ”pleno” eller helorgel. En italiensk piporgel i full storlek kan till exempel ha så många som 600 pipor och innehålla över 2000 stämmor. Några av de största orglar som skapats under perioden har tusentals pipor och så många som sju manualer, eller klaviatur, kopplade till orgelpiporna. I exteriördesign tenderar orglarna att likna de barockkatedraler där de ofta användes. En piporgel från perioden var tänkt att vara ett konstverk såväl som ett instrument.
Tillsammans med dess ökning i storlek genomgick barockorgeln många tekniska innovationer. Sådana samarbeten mellan Bach och orgelbyggaren Gottfried Silbermann bidrog till en del av förändringarna. Silbermann byggde orglar för användning i hela Europa.
En betydande förändring var en ökning av antalet och utformningen av orgelstopp och arrangemanget av manualer och pipor. Orgel-”stopp” släpper in den trycksatta luften till rören och kan slås på eller av av organisten. Stoppar började designas som kunde imitera ljuden från andra instrument. De utökades också i antal, vilket möjliggör en stor variation av ljud.
Separata tangentbord för fötterna, sammansatta av pedaler, utökades för att möjliggöra bättre reglering av ljud. Rör var organiserade i ställ. Varje ställ motsvarade olika stigning, virke och volym.
Många av innovationerna i barockorgeldesignen används fortfarande idag. Organ som överlevt från perioden anses vara konstverk och många finns utställda på museer. Några av designerna har återskapats för modernt bruk.