Ekologiskt är en term som vanligtvis lagstiftas av varje land eller region separat. I stora drag skulle ekologiskt kaffe hänvisa till kaffebönor som odlats, enligt lagens definition, utan användning av kemiska gödningsmedel eller bekämpningsmedel. Det kan finnas variationer i denna definition. Men eftersom många kaffeodlare använder dessa produkter i stort utbud, är det många som föredrar att hitta ekologiskt kaffe.
En av anledningarna till att ekologiskt kaffe anses vara så fördelaktigt är på grund av sättet att göra kaffe på. Oavsett om det är en fransk press eller ett automatiskt dropp, täcker vatten kaffesumpen, snabbt eller långsamt, och det är samma vatten som kommer att bli kaffe och som folk kommer att dricka. Tanken på att bönor kunde ha exponerats för ett stort antal bekämpningsmedel eller andra kemikalier bidrar till idén att en person bara rinner eller sköljer vatten genom en produkt som är laddad med bekämpningsmedel för att skapa en drink. Vissa människor tycker att tanken på kaffe helt enkelt inte är så aptitlig när den tas i detta ljus.
Visst kan det vara en lyx att köpa ekologiskt kaffe. För det första kan underlåtenhet att använda kemiska gödningsmedel resultera i mindre bönavkastning i varje gröda. På samma sätt kan brist på användning av bekämpningsmedel leda till färre perfekta bönor att sälja. Båda dessa faktorer tenderar att bidra till ett högre kaffepris. Priset per pund kan variera i slutförsäljningen, men det är inte ovanligt att betala mellan 15-20 amerikanska dollar (USD) för ett pund.
En annan orsak till lägre avkastning på ekologiskt kaffe, som kan påverka priset, är att många stater insisterar på att ekologiskt utesluter användning av alla växter som har blivit genetiskt modifierade (GMO). Ett antal företag som producerar kaffebönor gör det i områden där de måste växa i skuggan av regnskogen, och de kan inte utöka sina tillväxtområden för att producera mer. Dessa företag producerar alltså mindre kaffe än andra företag. De som är ointresserade av att söka det ekologiska kaffemärket kan använda växter som är genetiskt förändrade för att producera mer eller för att växa i miljöer som inte är tillgängliga för icke-GMO-växter.
Även om oron för att köpa ekologiskt kaffe har ökat, pekar många också på vikten av att använda rättvisemärkt kaffe. Detta kaffe är också dyrare men det garanterar vissa ekonomiska rättigheter för odlaren genom att organisera grupper av odlare i kooperativ. Bönder som säljer direkt till världsmarknaden kanske inte ens försörjer sig. För purister är en annan potentiell fråga hur länge kaffe förblir ekologiskt. Exponering för bekämpningsmedel kan snabbt uppstå om kaffe serveras med en klick icke-ekologisk mjölk och en sked bekämpningsmedelsfyllt socker. De som köper ekologiskt kaffe för att undvika bekämpningsmedel kan lyckligtvis hitta ekologisk mjölk och socker också, om detta är ett problem.