Ekologisk vanilj hänvisar vanligtvis till antingen vaniljbönor som odlats med hjälp av ekologiska metoder eller vaniljextrakt som gjorts med hjälp av sådana bönor och med ytterligare ekologiska riktlinjer. Medan ett företag potentiellt kan hävda att vanilj är ekologiskt odlad, har de flesta företag sin vanilj certifierad som ekologisk av en statlig myndighet. Olika byråer i olika länder hanterar sådan certifiering; i USA hanterar Food and Drug Administration (FDA) vanligtvis det. Ekologisk vanilj måste vanligtvis odlas utan användning av icke-organiska gödningsmedel, och användningen av bekämpningsmedel och andra kemikalier är vanligtvis förbjuden vid odling och bearbetning av sådan vanilj.
Alla som är intresserade av att köpa ekologisk vanilj, antingen i form av bönor eller extrakt, bör överväga certifieringen av alla företag som säljer sådan vanilj. Vaniljbönor kan odlas i många olika länder i olika delar av världen; stora företag som distribuerar vaniljbönor eller extrakt får ofta vanilj från många små gårdar. Detta kan göra det svårt för många företag att kontrollera och övervaka odlings- och bearbetningsmetoderna på sådana gårdar. Eftersom dessa gårdar också finns i olika länder, kanske vissa statliga myndigheter som övervakar certifiering av ekologisk vanilj inte finns i dessa länder.
Detta innebär att korrekt granskning av odlingsmetoder för certifiering av ekologisk vanilj kan vara ganska svårt, och därför bör försiktighet iakttas av alla som vill köpa sådan vanilj. De flesta företag ger information om hur den vanilj som säljs av dem är certifierad, inklusive typ av certifiering och namnet på certifieringsorganet. Statliga myndigheter som certifierar ekologiska livsmedel, såsom FDA, tillhandahåller ofta information om sådana certifieringsförfaranden via Internet eller genom att kontakta myndigheten. Detta gör att människor lättare kan jämföra olika typer av ekologisk vanilj för att säkerställa att vaniljen de köper motsvarar deras förväntningar.
Ekologisk vanilj odlas vanligtvis med enbart ekologiska produkter och utan tillsats av kemikalier eller hårda bekämpningsmedel. Gödselmedel kanske inte används alls för att producera ekologiska produkter, även om vissa odlare kan använda endast naturliga och organiska gödselmedel för att säkerställa sund markförvaltning utan att införa potentiellt skadliga kemikalier. Bekämpningsmedel är ofta en stor källa till kontroverser mellan odlare och konsumenter, och de flesta ekologiska odlare använder inte bekämpningsmedel eller använder bara ekologiska bekämpningsmedel som lätt tvättas bort från maten. Organiska vaniljbönor torkas sedan och bearbetas utan några andra oorganiska tillsatser, och vaniljextrakt som gjorts ekologiskt använder endast organisk alkohol för att producera extraktet.