Det sjätte chakrat, känt på sanskrit som ajna, kallas ofta för tredje ögats chakra, och det sägs att det finns i pannan, direkt ovanför näsan. Enligt människor som utövar kundalini och andra former av yoga är detta chakra kroppens centrum för andliga energier som relaterar till korrekt perception, förståelse och mental skärpa. Det sjätte chakrats energier sägs ha inflytande över ögonen, hjärnan, tallkottkörtlarna och hypofysen. Obalanser eller blockeringar i detta chakra tros leda till migrän, synförlust, obehagliga drömmar och ansträngda ögon. Utövare av de yogiska konsterna tror att positivt tänkande, skanderande mantran och att utföra inverterade och balansorienterade yogaställningar kan rensa blockeringar från det sjätte chakrat och balansera dess energier.
Det sjätte chakrats energier sägs ha ett kraftfullt inflytande över sinnet och, i förlängningen, det endokrina systemet. Utövare av yoga tror ofta att sinne och kropp hänger samman med varandra, så att mentalt tillstånd kan ha makten att påverka det fysiska tillståndet. Enligt dessa övertygelser kan en som odlar positiva tankar och ett lugnt, kontrollerat sinne vara mer benägna att åtnjuta god fysisk hälsa.
Chakrat för tredje ögat anses vara ansvarigt för förmågan att uppfatta och förstå verkligheten. Störningar i tredje ögats chakra tros orsaka störningar i uppfattningen och en frånkoppling från verkligheten. Negativa tankar och känslor, såsom rädsla, tros bero på störningar i energibalansen i det sjätte chakrat.
Många utövare av yoga tror att lämplig hållning är avgörande för att rensa det sjätte chakrat och balansera dess energier. En olämplig hållning, där huvudet tillåts skjuta fram, tros bidra till blockering av tredje ögats chakra. Odlingen av positiva tankar och övertygelser sägs också vara mycket fördelaktigt för att tredje ögat chakrat ska fungera korrekt. Bekräftelser och mantran som använder rotljudet ”om” sägs vara fördelaktiga för att fokusera energierna i tredje ögat chakrat.
Människor som utövar hathayoga tror vanligtvis att balansorienterade yogaställningar kan gynna tredjeögats chakra. Poser som dansarens pose tros hjälpa till att lugna och fokusera sinnet. Inverterade poser, som axelstående, tros också lugna sinnet och gynna tredjeögats chakra.