Organisationsstrukturen för ett universitet hänvisar till den hierarki genom vilken delegering av ansvar åstadkommes. Detta ger anställda och studenter en känsla av vem som svarar till vem, och vem de ska vända sig till om ett problem skulle uppstå. Den specifika organisationsstrukturen för ett universitet kan variera beroende på institution, men i de flesta fall är den verkställande nivån den högsta stegen på organisationsstegen. Denna nivå inkluderar högskole- eller universitetspresidenten, samt en kansler om en sådan finns, och styrelsen om de finns. Andra befattningar på den här nivån inkluderar kassörer och provoster, samt vicepresidenten eller vicepresidenterna.
Medan det i de flesta fall endast finns en president vid en högskola eller ett universitet, kan flera vicepresidenter finnas inom organisationsstrukturen för ett universitet. Dessa vice rektorer kan ansvara för en mängd olika uppgifter vid mindre universitet, medan de bara kan syssla med ett eller två specifika områden av högskolans funktion vid mycket större universitet. En vice ordförande för studentfrågor, till exempel, kommer främst att ta itu med studentaktiviteter, problem, prestationer och budgetfrågor. En finansdirektör kommer enbart att ta itu med universitetets ekonomi, och hans eller hennes jurisdiktion kan nå alla institutioner inom universitetet.
Akademiska dekaner är chefer för olika institutioner inom organisationsstrukturen på ett universitet. Den engelska institutionen kommer till exempel att ha en dekanus som i huvudsak leder eller på annat sätt övervakar alla funktioner på den institutionen. En biovetenskaplig dekan kommer att driva en specifik institution inom naturvetenskaperna vid universitetet, och dekanus för medicin kommer att övervaka eventuella medicinska program som universitetet erbjuder. En dekanus kan inneha andra befattningar inom universitetsstrukturen, även om detta inte är vanligt i vissa skolor. Utbildningarna kan också ha biträdande dekaner som svarar på dekanus; dessa personer är ansvariga för att hjälpa till att driva avdelningen och ta itu med specifika problem som avdelningen står inför.
Organisationsstrukturen för ett universitet kan förgrena sig därifrån till att inkludera andra program som atletiska program, markvård, studentregering, bostadsavdelningar och många fler. Den specifika platsen i hierarkin för dessa positioner kan variera beroende på det specifika universitetets prioriteringar. I många fall kan en omorganisation ske för att omprioritera strukturen så att medel tilldelas på rätt sätt och tjänsteåren åtgärdas. Organisatorisk omstrukturering kan vara svårt och påfrestande för alla medlemmar i universitetsstrukturen, så det är ofta bäst att hitta ett system som fungerar och hålla fast vid det.