När skadedjur blir genetiskt anpassade till bekämpningsmedel och inte längre påverkas av dess användning kallas tillståndet för bekämpningsmedelsresistens. Studier tyder på att mer än 500 arter av skadedjur har utvecklat en resistens mot bekämpningsmedel. Situationen orsakas ofta av att samma klasser av bekämpningsmedel används upprepade gånger under en betydande tidsperiod; skadedjuren bygger gradvis upp en tolerans som arbetar sig in i deras genetiska strukturer.
Genetisk sammansättning är nyckeln till resistens mot bekämpningsmedel. När ett bekämpningsmedel sprids över ett område är det bara naturligt att vissa skadedjur dödas och några överlever. De överlevande förökar sig sedan – och skadedjur tenderar att föröka sig i extremt höga hastigheter – vilket resulterar i avkommor som delar samma genetiska sammansättning som deras förfäder. Med varje efterföljande generation av avkommor kommer denna genetiska sammansättning bara att förbättras, vilket så småningom leder till att hela arter utvecklar förmågan att anpassa sig till skadedjur.
Problemet med resistens mot bekämpningsmedel är oerhört oroande för dem som arbetar inom skadedjurshantering. En naturlig reaktion är att använda större mängder av bekämpningsmedlet i hopp om att döda de kvardröjande skadedjuren. Detta har dock visat sig vara en mycket ineffektiv väg, eftersom ytterligare bekämpningsmedel av samma klass bara hjälper skadedjuren att utveckla starkare och starkare resistens.
Tillverkare av bekämpningsmedel definierar bekämpningsmedelsresistens på ett något annat – men viktigt – sätt. Industrin kallar det inte bekämpningsmedelsresistens, för en; de har kallat det för fältmotstånd. När det gäller fältresistens är skadedjurens förmåga att anpassa sig till ett bekämpningsmedel endast relaterat till misslyckandet hos den bekämpningsmedel som används. Vad industrin i huvudsak säger är att om en bättre produkt hade använts, skulle skadedjuren inte ha utvecklat en resistens.
Det finns flera arter som har blivit resistenta mot olika typer av bekämpningsmedel. Vissa fruktflugor i USA har odlat en resistens mot bekämpningsmedlet malathion. I Storbritannien har vissa typer av råttor anpassat sig till råttgift och kan få i sig allt större mängder utan effekt. Coloradopotatisbaggen har byggt upp en extremt hög tolerans mot vissa bekämpningsmedel: studier visar att de härdiga insekterna är resistenta mot mer än 50 typer.
För att bekämpa resistens mot bekämpningsmedel föreslår experter att man använder en annan klass av bekämpningsmedel. Forskning har dock dykt upp som säger att detta kan vara svårt eftersom bekämpningsmedel som används i rotation blir svårare och svårare att få tag på. På kort sikt kan dock en ny klass av bekämpningsmedel sannolikt göra en liten framsteg när det gäller att hantera skadedjur.