Fetalt alkoholsyndrom kan vanligtvis inte botas, men några av dess symtom kan behandlas, särskilt om de upptäcks tidigt i livet. Till exempel kan hjärtfel som ofta innehåller ett hål eller blåsljud behandlas med kirurgi. Andra fysiska symtom, såsom hörsel- och synnedsättning, kan ofta behandlas med hörapparater och glasögon. Naturligtvis finns det vanligtvis psykiska problem relaterade till att dricka under graviditeten, såsom utvecklingsstörning, inlärningssvårigheter och svårigheter med resonemang. Den typiska behandlingen för symtom av fetalt alkoholsyndrom som dessa inkluderar specialklasser i skolan, såväl som socialtjänst tidigt.
Ett av de vanligaste symtomen på fetalt alkoholsyndrom är ett hjärtfel. Detta kan inkludera ett blåsljud, vilket är en ganska mild abnormitet som vissa annars friska barn också har. Å andra sidan kan vissa barn med fetalt alkoholsyndrom lida av ventrikulär septumdefekt, som beskriver ett hål i väggen mellan höger och vänster ventrikel. Ett annat möjligt problem i samband med fetalt alkoholsyndrom är förmaksseptumdefekt, där väggen mellan de övre kamrarna inte stängs. Sådana defekter kan lösas med kirurgi, men denna typ av behandling för problem med fosteralkoholsyndrom anses ofta vara komplex och är inte alltid framgångsrik.
Det finns också andra typer av behandling för fetalt alkoholsyndroms fysiska symtom. Till exempel kan öronen vara deformerade vid födseln, vilket leder till hörselnedsättning under spädbarnsåldern. Detta kan lösas med hörapparater, samt plastikkirurgi för att ändra utseendet på öronen vid behov. Synförlust är ett annat vanligt symptom på denna sjukdom, som ofta kräver glasögon i tidig ålder. Även om det finns behandling för fetalt alkoholsyndrom fysiska symtom som dessa, kan vissa vanligtvis inte fixas, såsom ett ovanligt litet huvud eller kropp.
Några av de mest oroande symptomen på denna sjukdom är psykiska problem. Till exempel är mental utvecklingsstörning, förseningar i tal och språk och inlärningssvårigheter bara några av huvudproblemen. Dessa kräver ofta år av behandling från tidig ålder, såsom coaching för beteendeledning, samt rådgivning om hur man hanterar stress. Dessutom bör barn erbjudas skräddarsydd behandling för fetalt alkoholsyndrom när de börjar skolan, eftersom de ofta behöver specialklasser för att nå de typiska milstolparna för sin ålder. Specialundervisningsklasser kan tillåta dem att lyckas i skolan trots sina inlärningssvårigheter, hyperaktivitet och oförmåga att resonera normalt.