Termen ”basala metazoer” syftar på djur vid basen av metazoernas (flercelliga djur) evolutionära träd. Termen är inte särskilt väldefinierad och kan syfta på cnidarians (maneter och släktingar), porifera (svampar), ctenophores (kamgeléer), placozoans (den enda djurfilan med en enda art, Trichoplax adhaerens) och utdöda arter som kan vara mer primitiv än den gemensamma förfadern till alla levande metzoer (även kallade stammetazoer, mestadels Ediacaran fauna).
Den mest basala av alla levande metazoer kan vara Trichoplax adhaerens, ett enkelt, mycket litet (0.5 mm) ballongliknande djur uppkallat efter sin benägenhet att fastna på sidorna av ett glasakvarium. Trichoplax har det minsta genomet av alla kända djur, med endast 50 megabaser av DNA och 6 kromosomer. Sekvenseringen av Trichoplax-genomet pågår för närvarande. Man misstänker att det kan vara relaterat till cnidarians och ctenophores. Några nyare molekylära studier antydde att Trichoplax kan ha splittrats från resten av djuren efter svampar och cnidarians.
Även om man länge misstänkte att svampar var den mest basala av alla större grupper av metazoer, fastställde en genetisk studie från 2007 att cnidarians faktiskt splittrades från andra metazoer tidigare än svamparna. Detta är ganska överraskande, eftersom cnidarians är helt klart mer komplexa än svampar. Fyndet visar att morfologi (utseende) inte kan användas som en måttstock för hur tidigt en organism splittras från de andra, eftersom vissa djur blir mindre komplexa med tiden, inte mer. Detta motsäger många populära antaganden om evolution.
En annan intressant grupp av basala metazoaner är mesozoerna, som en gång troddes vara mellanliggande mellan protozoer (encelliga organismer) och mesozoer (flercelliga organismer), nu tros vara antingen en förenklad form av metazoan eller en sann basal metazoan. De två stora mesozogrupperna är Rhombozoa och Orthonectida, enkla organismer som lite är känt om. De är små parasiter av marina ryggradslösa djur, och vissa har bara några dussin celler. För att lära sig mer om dessa djur måste deras genom sekvenseras.
En grupp av utdöda metazoer, möjligen den mest basala av alla metazoaner, möjligen inte, är Ediacaran fauna, en grupp quiltade madrasser och påsliknande organismer som levde extremt länge förr, under Ediacaran-perioden, mellan cirka 600 och för 542 miljoner år sedan. Dessa djur har klassificerats av några arbetare i sin egen grupp, Vendobiota, på grundval av deras liknande ”quiltade” utseende, även om det finns stor kontrovers över detta. Ediacaran-faunan har beskrivits som ett ”tidigt misslyckat experiment på djur.” Eftersom denna grupp är sedan länge utdöd, kommer vi aldrig att få tag på dess genetiska material, och vi är begränsade till att göra gissningar uteslutande baserat på rå morfologi.