I Harry Potter-serien fängslas trollkarlar som har begått allvarliga brott i Azkaban, trollkarlsfängelset. Det verkar som om trollkarlsvärlden har ett rättssystem som är helt skilt från mugglarvärlden, men inkluderar paralleller som domstolar och fängelser. Med tanke på trollkarlsvärldens storlek och sällan av allvarliga brott som motiverar fängelse, verkar en domstol, Wizengamot, vara tillräcklig för att hantera stora rättegångar.
Mindre brott hanteras av Department of Magical Law Enforcement, som är en del av ministeriet för magi. De flesta av dessa brott relaterar till magi som kan ses av mugglare, eller magi som aktivt skadar mugglare. För brott som kräver seriös utredning används Aurors. Aurors är trollkarlar som är speciellt utbildade för att hantera frågor som hänför sig till mörka konster: de verkar ha över genomsnittet intelligens och utbildning för att spegla deras ofta farliga jobb. När en trollkarl döms till ett straff i Azkaban, har en auror förmodligen samlat bevisen som leder till fällande dom.
Domar om internering i Azkaban verkar variera i längd från några månader till en livstid. Oavsett strafflängden verkar tiden i Azkaban vara fullständigt bedrövlig. Fängelset ligger på en vindpinad ö som ständigt är kall och mörk, och det bevakas av dementorer, magiska varelser som suger glädje och lycka ur sina offer. Dödsstraffet används inte i trollkarlsvärlden: människor som begår allvarliga brott utsätts för Dementorns kyss, en process där själen sugs från kroppen av en Dementor. Offret lever fortfarande, men existerar i huvudsak som en grönsak.
Troheten mellan ministeriet för magi och mörka varelser som dementorer i Azkaban är ett ämne för mycket debatt och diskussion i trollkarlsvärlden. Dumbledore, till exempel, varnar upprepade gånger ministeriet för att dementorerna är farliga och lätt kan vändas åt Voldemorts sida, som de är i den sjätte boken. Anställda vid Ministry of Magic uppvisar också obehag med dementorerna under besök i Azkaban.
Medan Harry aldrig har varit i Azkaban, har han interagerat med ett antal karaktärer som har, till att börja med hans gudfar, Sirius Black, som felaktigt satt fängslad i Azkaban i många år. Rubeus Hagrid, en av Harrys nära vänner och rådgivare, tillbringar också kort tid i fängelset. I den femte boken är Harry ansvarig för att skicka flera mörka trollkarlar till Azkaban inklusive Lucius Malfoy. Den sociala störningen som orsakats av uppkomsten av Voldemort har gjort Azkaban i princip värdelös som en plats för fängelse, eftersom dementorerna inte längre bevakar den, och brottsbekämpande personal är upptagna med att försöka spåra upp Voldemort själv.