Antibakteriellt munvatten ordineras ofta av tandläkare för att minska mikrober i munnen som orsakar gingivit, en vanlig tandköttssjukdom. En receptfri version använder stora mängder alkohol istället för antibiotika och har mer en antiseptisk effekt. Medan de flesta av dessa orala läkemedel är säkra, kan biverkningar uppstå. Antiseptiska, receptfria sköljningar finns tillgängliga för dem utan allvarliga tillstånd som vill undvika alkohol.
De flesta människor använder munvatten för halitosis, eller dålig andedräkt, orsakad mestadels av bakteriers inverkan på plackavlagringar eller partiklar. De släpper ut svavelföreningar som orsakar en obehaglig lukt. Halitos kan också vara resultatet av en mycket torr mun, rökning eller hälsotillstånd som diabetes och luftvägssjukdomar. Personer med ihållande halitos bör se en läkare för att säkerställa att ett underliggande problem kan behandlas.
För mer allvarliga tillstånd som tandköttsinflammation kan tandläkare ordinera antibakteriellt munvatten tillsammans med en regim av förbättrad munhygien. Dessa sköljningar kan innehålla tetracyklin, ett antibiotikum för att döda bakterierna, hexetidin som minskar irritation och blödning, och ibland ett anestesimedel mot smärta. Nystatin är ett svampmedel som ofta ordineras för Candida, en jästorganism som orsakar trast.
Klorhexidinglukonat, ett antiseptiskt medel i både antibakteriellt munvatten och den receptfria typen, har visat sig hämma tillväxten av plackbakterier. Resultaten varar bara några timmar. En antiseptisk sköljning ska komplettera god munhygien, som regelbunden borstning och tandtråd, inte ersätta den. Regelbunden vård hjälper till att minska förekomsten av halitos som inte orsakas av ett annat hälsotillstånd. Antibakteriellt munvatten som innehåller antibiotika behövs dock sällan för att behandla de vanligare orsakerna till dålig andedräkt.
Många receptfria munvatten innehåller alkohol som dödar bakterier men torkar ut slemhinnor i munnen. Vissa forskare tror att alkoholhaltigt munvatten bidrar till cancer i munhålan, eftersom högre än genomsnittet ses hos kroniska alkoholkonsumenter. Det är känt att kroniska alkoholister ibland missbrukar munvatten när alkohol i annan form inte är tillgänglig och kan få i sig mer än den genomsnittliga användaren. Från och med 2011 har ett definitivt samband mellan användningen av munvatten med hög alkoholhalt och muncancer inte bevisats.
Antibakteriellt munvatten kan ha samma biverkningar som en oral medicin i pillerform. Vissa människor är allergiska mot tetracyklin och andra antibiotika. De kan uppleva en allvarlig reaktion med svullnad i ansikte och svalg och andningsproblem. Klorhexidin har varit känt för att färga tänder vid långvarig användning. Patienter kan också ha orolig mage, diarré och dålig smak i munnen.
Om patienter inte behöver ett antibakteriellt munvatten, finns det alternativ till alkoholbaserade antiseptika. Örtpreparat som finns i hälsokostbutiker innehåller örter eller Xylitol, ett naturligt sötningsmedel med lägre glykemiskt index än socker. Många människor svär vid en lösning av en tesked salt i en kopp varmt vatten som en ekonomisk och effektiv sköljning för att behandla halsont eller milda munskador och infektioner. Tandläkare kan också rekommendera säkra alkoholfria preparat för barn.