Amygdala, som heter så för att den liknar en mandel, är en uppsättning kärnor i hjärnan som ligger nära varandra och därför grupperade under samma namn. Bland de mest framträdande är det basolaterala komplexet, den centromediala kärnan och den kortikala kärnan. Amygdala är en del av det limbiska systemet, ansvarig för att reglera känslorna. Det är oftast förknippat med känslor av rädsla och ångest, och dess storlek är positivt korrelerad till graden av aggression hos en given art. Det är också förknippat med njutningskänslan, men främst i negativ bemärkelse, dvs njutningen som ibland är inneboende i aggression.
Det finns två amygdalor, symmetriskt arrangerade nära hjärnans mitt, precis ovanför hypotalamus. De är var och en cirka 1 tum (2.54 cm) långa. Denna struktur har fått stor uppmärksamhet under de senaste decennierna och har varit i fokus för många forskningsprojekt.
Amygdala spelar en nyckelroll i det som har kallats ”försvarskontrollnätverket för allmänna ändamål” och reagerar som svar på obehagliga syner, förnimmelser eller lukter. Ilska, undvikande och defensivitet är känslor som till stor del aktiveras av denna del av hjärnan. Dess evolutionära ursprung ligger hos de tidiga fiskarna, och den har direkta kopplingar till ett av de äldsta sensoriska områdena, luktlöken. Amygdala är ansvarig för att aktivera förfäders tecken på nöd som ”spänd mun” och defensiva ställningar som hukning.
Liksom många delar av det limbiska systemet är amygdalas funktion inte enbart förknippad med någon känsla. Dålig amygdalfunktion har associerats med ångest, autism, depression, narkolepsi, posttraumatiskt stressyndrom, fobier och schizofreni. Lesionsstudier med apor har visat att när denna struktur försämras före sex månaders ålder har individer svårt att anpassa sig till det sociala livet. Detta beror på att amygdala är nödvändig inte bara för att uppleva känslor som rädsla, utan också för att modellera och snabbt känna igen närvaron av dessa känslor hos andra. Således har en skadad blivit förknippad med tillståndet autism eller socialblindhet.
Hos människor är amygdala den hjärnstruktur som varierar mest mellan könen. När hanar kastreras, krymper storleken på den med 30 %. Depression har associerats med asymmetriska amygdalastorlekar.