På 1980- och 1990-talen växte en ny genre av rockmusik fram och fick snabbt titeln collegerock på grund av dess framträdande plats på collegeradio. Så småningom blev namnet på genren alternativ musik på grund av dess nya sound som inte hämtade från de mer typiska heavy metal- och new wave-genrerna som var populära på den tiden. Stilen byggde istället upp en postpunk-era definierad av indieljud och rockrötter. Alternativ musik var extremt populär under 1980-talet och in i mitten av 1990-talet, då genren upplevde en nedgång i popularitet.
Termen alternativ musik blev genrens definierande ord efter att DJ:s på radiostationer över hela USA använde termen för att beskriva längre låtar som inte hamnade i Top 40-kategorin. Dessa låtar gav DJ:s fler alternativ för sina spellistor, men låtarna var inte nödvändigtvis vad som nu skulle anses vara alternativ musik. Collegeradiostationer slog så småningom fast vid termen för att beskriva den nya genren, som var framträdande bland en yngre generation på universitetsområdena, och alternativ musik, som en genre, föddes.
Musikens egenskaper är lite svårare att sätta fingret på. Ursprungligen var genren fokuserad på oberoende band och musik som hämtade från punktiden men som inte passade in i kategorin metal eller new wave. Band som REM fick framträdande plats på åttiotalet, men generellt sett var den alternativa musikscenen inte nödvändigtvis en kommersiellt framgångsrik. Det förändrades i början av nittiotalet, när det Seattle-baserade grungebandet Nirvana slog till på musikscenen. Band som Pearl Jam och Stone Temple Pilots dök snart upp, vilket ytterligare definierade det alternativa soundet.
I mitten till slutet av nittiotalet upplevde genren en kraftig nedgång. Efter Nirvanas frontman Kurt Cobains död och en rättegång på uppdrag av bandet Pearl Jam mot Ticketmaster, blev alternativa band allt knappare när andra nya genrer, som nu-metal, dök upp och tog över etern. Under loppet av nästa decennium försökte alternativa band att omdefiniera genren och återuppväcka allmänhetens intresse för musiken. Band som White Stripes och Radiohead i början av 2000-talet gjorde just det och banade väg för en renässans av alternativ musik. De banade väg för innovativa band som Modest Mouse, The Strokes och The Killers, och genren verkade återfödas.
Den alternativa genren blev en catch-all term som omfattade indierock, Brit-pop, grunge och andra undergenrer. På grund av dess oklara definition blev det, och förblir, svårt att definitivt skilja ett alternativt band eller artist från en annan genre.