Beberapa faktor dapat mempengaruhi perkembangan fisik pada anak usia dini. Berpartisipasi dalam aktivitas fisik seperti berlari, memanjat, atau bermain bola akan meningkatkan perkembangan fisik yang normal pada anak usia dini. Diet dan nutrisi yang tepat selama masa bayi dan balita juga akan mendorong pertumbuhan dan perkembangan fisik yang normal. Sakit atau penyakit dapat mempengaruhi perkembangan fisik seorang anak. Sebagian besar ahli medis dan ilmuwan percaya bahwa faktor keturunan juga mempengaruhi pertumbuhan dan perkembangan selama tahun-tahun anak usia dini.
Genetika memainkan peran kunci dalam perkembangan fisik pada anak usia dini. Beberapa anak tumbuh dengan kecepatan yang tampaknya cepat, sementara yang lain lebih kecil dari rata-rata. Seorang anak yang dianggap kecil untuk usianya mungkin memiliki orang tua yang lebih pendek dari rata-rata. Dalam banyak kasus, laju perkembangan fisik pada anak berkorelasi dengan laju perkembangan yang dicapai orang tuanya pada usia yang sama.
Lingkungan di mana seorang anak dibesarkan mungkin memainkan peran penting dalam perkembangan anak. Anak-anak yang terpapar polusi udara dapat mengembangkan penyakit paru-paru kronis atau serangan pneumonia. Seorang anak yang terpapar kebisingan yang sangat keras setiap hari dapat menderita gangguan pendengaran, yang mungkin terlihat saat mulai sekolah. Anak-anak yang tinggal di lingkungan yang penuh tekanan dapat mengembangkan kebiasaan makan yang buruk yang dapat menyebabkan obesitas.
Anak yang kekurangan gizi biasanya akan mengalami perkembangan fisik yang tidak normal. Ini mungkin termasuk tulang lunak karena kekurangan kalsium, atau sistem kekebalan yang melemah. Malnutrisi juga dapat menyebabkan kerusakan gigi dini pada anak-anak.
Selain itu, anak-anak yang tidak menerima imunisasi masa kanak-kanak dapat mengembangkan penyakit. Beberapa penyakit masa kanak-kanak dapat berdampak negatif pada perkembangan fisik anak, atau menyebabkan komplikasi kesehatan yang serius, seperti penyakit jantung. Menurut para ahli medis, seorang anak yang telah divaksinasi terhadap berbagai penyakit memiliki peluang yang lebih baik untuk berkembang secara normal.
Perkembangan fisik juga dapat terganggu ketika anak kecil tidak menerima latihan fisik yang memadai secara teratur. Para ahli merekomendasikan agar orang tua mendorong anak-anak berusia tiga tahun untuk berpartisipasi dalam aktivitas fisik setiap hari. Olahraga teratur dapat memperkuat tulang dan otot, serta meningkatkan koordinasi pada anak-anak yang masih sangat kecil.
Penyakit kronis atau penyakit serius, seperti cystic fibrosis, kanker, atau asma juga dapat mempengaruhi perkembangan fisik pada anak usia dini. Beberapa kondisi medis seperti cerebral palsy dapat mengganggu keterampilan motorik halus dan koordinasi pada anak kecil. Dalam banyak kasus, terapi rehabilitasi fisik dapat meningkatkan atau mengembangkan keterampilan motorik halus dan kasar anak.