Tingkat homocysteine dalam tubuh dapat dipengaruhi oleh banyak faktor berbeda, yang bisa sangat penting, karena peningkatan kadar diketahui terkait dengan peningkatan risiko pembekuan darah, serangan jantung, dan stroke. Kelainan genetik tertentu dapat menyebabkan masalah dengan pemecahan homosistein, menyebabkan tingkat meningkat. Orang yang tidak mendapatkan cukup vitamin B mungkin juga mengalami peningkatan kadar. Beberapa kondisi medis termasuk penyakit tiroid dan ginjal dapat memengaruhi seberapa banyak asam amino yang dimiliki seseorang, seperti halnya beberapa jenis obat. Pada wanita, usia sering menjadi faktor, terutama karena perubahan kadar hormon dapat menyebabkan perubahan kadar homosistein.
Orang dengan kelainan genetik yang menyebabkan molekul mediator, yang membantu memecah homosistein, tidak berfungsi atau hilang umumnya mengalami peningkatan kadar. Homocystinuria, suatu kondisi serius yang biasanya didiagnosis pada masa kanak-kanak di mana molekul mediator tidak ada, menyebabkan banyak sekali masalah yang berkaitan dengan tingkat homosistein yang sangat tinggi dalam darah. Kondisi yang lebih ringan adalah hyperhomocysteinemia, di mana molekul mediator ada tetapi tidak bekerja pada tingkat yang optimal.
Vitamin B juga memainkan peran utama dalam tingkat homosistein seseorang. Asam folat, vitamin B6, dan vitamin B12 semuanya penting untuk pemecahan homosistein, dan kekurangannya menyebabkan kadarnya meningkat. Mereka yang tidak mendapatkan cukup vitamin ini dalam makanan mereka mungkin perlu mengambil suplemen atau makan lebih banyak makanan yang mengandung mereka untuk mendapatkan kadar homosistein kembali normal.
Beberapa masalah medis dapat menyebabkan peningkatan kadar homosistein. Penurunan produksi hormon tiroid dapat menyebabkan masalah, seperti halnya penyakit ginjal. Psoriasis kelainan kulit juga bisa menjadi penyebabnya.
Obat-obatan juga dapat menyebabkan fluktuasi kadar homosistein dalam tubuh seseorang. Mengkonsumsi pil KB dapat membantu menurunkan kadar, karena meningkatkan kadar estrogen, yang tampaknya mempengaruhi homosistein. Pasien yang memakai obat untuk epilepsi mungkin memiliki jumlah homosistein yang lebih besar. Obat lain yang dapat menyebabkan peningkatan kadar adalah metotreksat.
Wanita mungkin mengalami perubahan kadar homosistein selama hidup mereka karena perubahan kadar estrogen. Wanita hamil sering mendapati bahwa kadarnya turun, karena mereka memiliki lebih banyak estrogen daripada biasanya. Wanita yang lebih tua yang telah mengalami menopause, ketika kadar estrogen secara alami menurun, biasanya homosistein mereka meningkat. Mengambil suplemen estrogen dapat membantu menurunkannya.