Berat molekul peptida adalah angka tanpa satuan yang diturunkan dari rasio massa rata-rata molekul peptida dibagi dengan seperdua belas massa atom karbon 12. Berat molekul peptida juga dapat digambarkan sebagai satu mol peptida dalam gram, karena mol adalah jumlah peptida yang sama dengan berat molekulnya. Oleh karena itu, karena berat asam amino prolin, misalnya, adalah 97.12, satu mol prolin sama dengan 97.12 gram zat.
Penting untuk mengetahui nomor berat molekul peptida dalam proses seperti sintesis peptida, karena berat dapat digunakan untuk menentukan konsentrasi komponen molekul. Misalnya, jika satu komponen memiliki berat molekul 50 dan komponen lain memiliki berat molekul 100, maka molekul dalam senyawa kedua akan berbobot dua kali lipat dari senyawa pertama. Jika keduanya digabungkan dalam gram yang sama, senyawa dengan berat lebih rendah akan memiliki dua kali lebih banyak molekul yang ada dalam campuran, karena beratnya hanya setengah, dan, alih-alih konsentrasi 50/50, akan ada konsentrasi sekitar 66 /33.
Perangkat lunak penganalisa berat molekul sering digunakan untuk menghitung jumlah berat molekul peptida, karena perhitungannya dapat menjadi rumit jika tidak. Tidak hanya ada berbagai berat molekul elemen kimia yang harus diperhitungkan dalam urutan asam amino yang membentuk peptida, tetapi ada juga faktor lain yang perlu dipertimbangkan. Baik kualitas hidrofobik dan hidrofilik dalam kaitannya dengan air ikut bermain, serta koefisien penyerapan molar untuk protein itu sendiri. Bilangan Avogadro, yang menunjukkan berapa banyak molekul yang ada dalam satu mol, juga harus digunakan saat menentukan volume peptida dari berat molekul peptida.
Asam amino adalah blok bangunan untuk peptida. Mereka berkisar dari berat molekul residu, yang merupakan berat aktual dikurangi air, 57.05 untuk molekul terkecil, glisin, hingga 156.19 untuk molekul terbesar, arginin. Ketika dua atau lebih asam amino digabungkan, kalkulator berat molekul peptida sering digunakan untuk menentukan berat molekul baru.
Menentukan berat molekul peptida yang akurat memiliki aplikasi penting dalam berbagai penelitian. Bukti menunjukkan, misalnya, bahwa peptida dengan berat molekul rendah adalah pengatur penting dalam biologi. Hormon yang mengandung peptida ini aktif di bagian tubuh, seperti otak, sistem saraf, dan saluran pencernaan.