Ada 18 pulau yang tersebar di seluruh Teluk San Francisco, termasuk bebatuan tak berpenghuni, suaka margasatwa yang dilindungi, dan pulau-pulau maju dengan populasi yang cukup besar. Beberapa pulau di Teluk San Francisco cukup terkenal, seperti halnya Alcatraz. Banyak yang hanya dapat diakses dengan perahu pribadi seperti perahu layar, dan masing-masing memiliki fitur unik yang membuatnya layak untuk dikunjungi, jika Anda bisa sampai di sana.
Banyak pulau yang disisihkan sebagai taman dan tempat perlindungan. Pulau Bidadari adalah taman negara bagian yang dapat diakses dengan feri dari beberapa lokasi di sekitar teluk, dan Alcatraz adalah taman nasional. Pengunjung ke pulau-pulau ini dipersilakan sepanjang tahun, meskipun musim panas adalah musim puncak untuk berkunjung. Ada juga beberapa suaka margasatwa, termasuk Kepulauan Marin Timur dan Barat, Pulau Brooks, dan Pulau Bair. Pulau Brooks adalah bagian dari Distrik Taman Regional East Bay, dan menampung burung migran, lahan basah, dan jalur pejalan kaki. Pulau Bair adalah suaka margasatwa yang luas di South Bay, dan merupakan bagian penting dari ekologi Bay Area.
Ada juga beberapa pulau di Teluk San Francisco yang sedikit lebih dari singkapan berbatu yang dimuliakan. Ini termasuk Pulau Red Rock, di sisi barat Jembatan Richmond, bersama dengan Sisters Timur dan Barat, Pulau Ballena Bay di sebelah Alameda, dan Pat Rock. Pulau Red Rock juga merupakan satu-satunya pulau milik pribadi di Teluk San Francisco, meskipun fakta bahwa secara teknis terletak di tiga kabupaten membuat pengembangan potensi menjadi tantangan.
Ada juga pulau berpenghuni di teluk. Satu, Pulau Penjaga Pantai, disisihkan untuk penggunaan militer saja. Pulau-pulau berpenghuni lainnya semuanya terbuka untuk umum. Pulau Yerba Buena terletak di tengah Jembatan Teluk San Francisco, dan menampung penduduk sipil bersama dengan stasiun Penjaga Pantai kecil. Treasure Island, sebuah pulau buatan yang terhubung dengan Yerba Buena melalui jalan lintas, adalah bekas pangkalan Angkatan Laut dengan perumahan sipil yang terletak di ujung utaranya. Alameda, sebuah pulau langsung di lepas pantai Oakland, dapat diakses melalui sejumlah jalan lintas dan memiliki koleksi contoh arsitektur Victoria dan Ratu Anne yang cukup besar.
Pulau-pulau ini, seperti yang bisa dilihat, cukup beragam. Banyak penduduk daerah Teluk hanya mampu menyebutkan beberapa dari 18 pulau, jadi bersiaplah untuk mengesankan orang dengan pengetahuan lokal Anda. Keragaman tempat tinggal dan cagar alam di pulau-pulau teluk San Francisco juga memberikan bagian menarik dari kehidupan daerah Teluk, baik manusia maupun hewan.