Bukti yang diperoleh dari sisa-sisa kerangka menunjukkan manusia prasejarah melakukan perawatan gigi pertama. Selama Abad Pertengahan, para biarawan, dan kemudian tukang cukur, bertanggung jawab atas pencabutan gigi dan praktik gigi primitif lainnya. Pendidikan formal dan informasi yang berkaitan dengan kebersihan mulut tidak muncul sampai tahun 1500-an. Meskipun diakui sebagai praktik medis pada pertengahan 1700-an, hanya orang kaya yang memperoleh layanan dari seorang profesional gigi yang terlatih. Pada abad ke-21, kedokteran gigi mencakup setidaknya delapan cabang khusus yang menangani segala hal mulai dari penambalan gigi berlubang hingga bedah kosmetik.
Para arkeolog percaya bahwa sejarah kedokteran gigi dimulai sekitar 7,000 SM. Gigi sisa-sisa manusia yang ditemukan di Pakistan berisi lubang yang tampaknya dibor. Para ilmuwan menyarankan manusia purba menggunakan bor busur untuk membuat rongga dan menemukan ujung bor yang terbuat dari batu. Seorang Mesir bernama Hesy-Re, mungkin seorang dokter, mendokumentasikan prosedur gigi yang biasa dilakukan pada tahun 2,600 SM. Aristoteles dan Hippocrates juga menulis tentang kesehatan gigi. Setiap filsuf menggambarkan pencabutan gigi menggunakan instrumen, perawatan kerusakan gigi, dan prosedur menggunakan kawat untuk stabilisasi gigi dan perbaikan patah rahang.
Obat untuk sakit gigi dikembangkan sebelum abad pertama Masehi. Prostetik gigi, termasuk mahkota emas dan jembatan pengganti, muncul pada awal 166 Masehi. Dianggap sebagai orang yang paling berpendidikan pada waktu itu, para biksu biasanya memberikan perawatan medis dan gigi komunitas selama era abad pertengahan. Sejarah awal kedokteran gigi ini juga menunjukkan bahwa orang Cina mengembangkan pasta perak untuk mengisi rongga. Para biksu akhirnya mendidik dan melatih tukang cukur dalam pengobatan, memungkinkan beberapa untuk melakukan operasi dan yang lain ditugaskan untuk prosedur gigi umum.
Seorang Jerman bernama Artzney Bucklein menerbitkan buku pertama tentang kedokteran gigi pada tahun 1530. Buku itu tidak hanya menjelaskan prosedur oral, tetapi juga membahas kebersihan mulut dan penyakit mulut. Antony van Leeuwenhoek menemukan bakteri mikroskopis pada tahun 1683. Hingga saat ini, diyakini cacing menyebabkan karies gigi. Banyak yang menganggap orang Prancis, Pierre Fauchard, sebagai bapak kedokteran gigi modern. Fauchard menerbitkan buku teks yang menjelaskan segalanya mulai dari anatomi gigi hingga bedah mulut dan proses restoratif.
Fauchard juga merupakan orang pertama dalam sejarah kedokteran gigi yang menyamakan gula dan asam dengan pembentukan rongga. Pasien kaya menerima saluran akar, mahkota emas dan tiang pada pertengahan 1700-an. Gigi palsu gading juga merupakan barang mewah yang hanya dapat diperoleh oleh orang kaya. Penduduk yang kurang beruntung yang mengalami masalah gigi biasanya mengandalkan pandai besi setempat untuk ekstraksi. Bubuk gigi dan pengobatan lain menjadi tersedia untuk umum sekitar waktu ini.
Istilah dokter gigi, yang berasal dari kata Perancis dokter gigi, muncul pada pertengahan abad ke-18. Sebelum itu, siapa pun yang melakukan prosedur oral dikenal sebagai operator gigi. Pada akhir abad ini, John Greenwood telah mengembangkan bor mekanis pertama yang digerakkan oleh pedal kaki. Segera kursi gigi pertama muncul bersama dengan gigi palsu porselen. Charles Goodyear mengembangkan metode pengerasan karet pada tahun 1839 dan dokter gigi menggunakan karet vulkanisir ini sebagai bahan dasar baru untuk gigi tiruan karena porselen memiliki kecenderungan untuk retak. Dokter mengembangkan anestesi pada pertengahan abad, yang akhirnya memberikan prosedur gigi bebas rasa sakit.
Sejarah kedokteran gigi berlanjut hingga tahun 1900-an, dengan penemuan Novocaine pada tahun 1901 dan penemuan bahwa fluoride mencegah gigi berlubang pada tahun 1930-an. Pada Perang Dunia II, masyarakat menambahkan fluoride ke air minum masyarakat. Kemajuan dalam kedokteran gigi modern termasuk pengembangan instrumen khusus, perekat dan peralatan prostetik. Kedokteran gigi akhirnya berkembang menjadi praktik khusus yang mencakup endodontik, ortodontik, periodontik, dan bedah mulut-maksilofasial.