Tidak seperti simbol Iowa lainnya seperti stempel dan bunga negara, bendera negara bagian Iowa baru ditetapkan pada abad ke-20. Kurang dari 20 tahun setelah Iowa bergabung dengan Union, Perang Saudara AS dikobarkan, setelah itu warga negara bagian merasa hanya bendera nasional yang dibutuhkan. Bendera dirancang pada tahun 1917 sebagai tanggapan atas permintaan dari anggota Garda Nasional untuk lambang untuk mewakili mereka. Setelah periode penggunaan yang singkat untuk tujuan ini, desain sebagai bendera negara secara resmi diadopsi oleh Majelis Umum negara bagian pada tahun 1921.
Iowa bergabung dengan Union sebagai negara bagian ke-29 pada tahun 1846. Antara saat itu dan 1917, beberapa kelompok telah meminta bendera untuk mewakili negara bagian. Namun, para pencela merasa bahwa menetapkan bendera negara bagian Iowa akan mengurangi pentingnya bendera nasional AS. Perasaan ini terutama menonjol pada tahun-tahun setelah Perang Saudara, karena bangsa itu baru saja dipersatukan kembali dan orang-orang Iowan tidak ingin tampak memisahkan diri dari Serikat.
Pada tahun 1917, unit Garda Nasional dari Iowa bergabung dengan unit-unit dari negara bagian lain yang bertugas di sepanjang perbatasan antara AS dan Meksiko. Para penjaga mencatat bahwa resimen lain memiliki bendera negara untuk mewakili mereka, dan mereka menyatakan keinginan untuk memiliki bendera mereka sendiri. Gubernur William L. Harding meminta desain bendera negara bagian Iowa, sebuah proyek yang dikerjakan oleh Daughters of the American Revolution (DAR). Anggota DAR dan Knoxville, Iowa, penduduk Dixie Cornell Gebhardt bertanggung jawab atas penampilan terakhir bendera tersebut.
Gebhardt memilih latar belakang tiga warna untuk bendera negara bagian Iowa, dengan garis-garis vertikal berukuran sama biru, putih dan merah. Skema warna ini mengacu pada latar belakang negara bagian Prancis, yang diakuisisi oleh AS sebagai bagian dari Pembelian Louisiana dari Prancis. Warnanya juga memiliki arti tersendiri, dengan warna biru melambangkan keadilan, kesetiaan dan kebenaran, warna putih melambangkan kesucian, dan warna merah melambangkan keberanian.
Garis-garis biru dan merahnya solid, tanpa desain apa pun yang ditampilkan di atasnya. Garis putih berisi elang, burung nasional AS, membawa spanduk biru di paruhnya. Spanduk-spanduk ini menampilkan moto negara bagian Iowa, “Kebebasan kami kami hargai, dan hak kami akan kami pertahankan.” Dengan menggabungkan simbol nasional dengan moto negara, Gebhardt berusaha menunjukkan bahwa Iowa adalah bagian dari AS, bukan entitas yang terpisah. Fitur terakhir dari bendera negara bagian Iowa adalah nama negara bagian dengan huruf kapital merah di bawah elang.
Setelah Pengawal Nasional Iowan menggunakan bendera selama Perang Dunia I, negara secara resmi mengadopsinya sebagai bendera negara bagian Iowa pada tanggal 29 Maret 1921. Peraturan negara mengatur ukuran dan tampilan bendera yang tepat, termasuk ketentuan bahwa semua sekolah di negara bagian harus mengibarkan bendera setiap hari sekolah. Kode Bendera AS menetapkan pedoman untuk ditampilkan dengan bendera nasional.