Merawat bonsai cypress dapat bergantung pada spesies pohon tertentu yang dipilih, karena ada lebih dari 100 jenis cypress yang tersedia untuk dilatih sebagai bonsai. Versi populer dari bonsai cemara termasuk Lawson — Chamaecyparis lawsoniana, Hinoki Jepang — Chamaecyparis tumpul, dan Sawara Jepang — Chamaecyparis pisifera. Jenis bonsai cemara umum lainnya yang direkomendasikan untuk pemula, meskipun bukan spesies cemara sejati, adalah cemara Botak atau Rawa – Taxodium distichum. Merawat pohon cemara dapat bervariasi, karena beberapa lebih menyukai kondisi iklim kering seperti Hinoki Jepang, dan beberapa berasal dari daerah rawa dan lebih menyukai lingkungan yang selalu basah seperti cemara botak. Namun, sebagai aturan umum, pohon cemara mudah ditanam sebagai bonsai, sehingga menjadi pilihan yang sangat populer pada tahun 2011, dan merupakan pohon yang lebih menyukai sinar matahari penuh dan pemupukan teratur.
Sebagian besar jenis pohon cemara relatif kuat, jadi mereka membuat spesimen bonsai yang baik, karena mengadaptasi pohon ke gaya hidup bonsai bisa menjadi proses yang membuat stres bagi pohon. Dalam hal frekuensi penyiraman, cemara Hinoki adalah spesies yang membutuhkan kondisi terkering. Tanah untuk Hinoki harus lembab hampir sepanjang waktu, tetapi ini adalah spesies yang tahan kekeringan yang dapat bertahan hidup dalam kondisi yang lebih dingin dan lebih kering daripada bonsai cemara lainnya. Sepanjang spektrum ini, cemara Sawara membutuhkan lebih banyak air, karena merupakan tanaman asli daerah lembab, dan cemara botak membutuhkan kondisi tanah basah yang hampir konstan seperti tanaman asli rawa-rawa. Pohon cemara Sawara dan Botak juga bisa mati jika terkena kondisi dingin dan perlu menjalani musim dingin di rumah kaca.
Bonsai secara umum dapat lebih rentan terhadap serangan hama dan penyakit dibandingkan dengan rekan-rekan mereka di alam liar karena kondisi terbatas di mana mereka dibudidayakan. Meskipun pohon Hinoki cukup tahan terhadap hama dan penyakit, pohon cemara Sawara dan Botak sering diserang oleh kutu daun akar, dan memiliki cabang yang halus yang harus dipangkas dengan cara dicubit dengan jari, bukan dipotong untuk mencegah kerusakan yang tidak semestinya pada pohon. Cemara Lawson, yang merupakan salah satu jenis bonsai cemara paling populer yang ditanam, juga membutuhkan tanah yang selalu lembab seperti Sawara, tetapi tidak kondisi tergenang air yang cenderung dinikmati oleh cemara botak. Salah satu kondisi pertumbuhan yang umum untuk semua bonsai cemara populer adalah bahwa mereka semua lebih menyukai sinar matahari penuh, yang sering berarti bahwa wadah bonsai itu sendiri paling baik dipelihara di luar ruangan.
Pohon cemara botak mendapatkan namanya dari fakta bahwa itu adalah pohon konifer unik yang kehilangan daunnya yang menyerupai jarum di musim dingin. Dedaunan pertama-tama akan berubah menjadi oranye dan kemudian coklat, yang, dalam bonsai cemara lainnya, akan menunjukkan bahwa pohon itu sekarat. Di pohon cemara botak, ini adalah peristiwa musim gugur yang alami. Menentukan ketinggian air yang tepat untuk cemara botak juga dapat dilakukan dengan memperhatikan efek terkulai pada dedaunan baru, yang menunjukkan bahwa ia membutuhkan lebih banyak air.
Menanam bonsai cemara juga dianjurkan untuk diulang setiap dua hingga tiga tahun untuk semua spesies, meskipun beberapa tumbuh lebih cepat daripada yang lain. Hinoki cenderung tumbuh paling lambat, sehingga dapat direpoting lebih jarang daripada varietas seperti Sawara. Pohon cemara botak tumbuh paling cepat dan dapat direpoting dengan aman setiap tahun. Karena kulit pohon cemara bonsai bisa halus, perawatan juga harus dilakukan dengan kabel pohon untuk tumbuh ke bentuk tertentu. Saat kawat menjadi kencang, itu harus dilepas dan diganti dengan gulungan yang lebih longgar atau tidak sama sekali.