Mencegah penyakit mentimun biasanya berarti memahami dengan tepat apa yang terjadi pada tanaman dan di kebun. Ada tiga kategori besar di mana hampir semua penyakit mentimun jatuh, dan masing-masing memiliki pendekatan yang berbeda untuk pengobatan dan pencegahan. Hama dan serangga adalah penyakit mentimun umum yang dapat dicegah dengan penghalang fisik, insektisida, penanaman pendamping dan serangga bermanfaat. Infeksi bakteri terjadi ketika organisme memasuki tanaman melalui daun, tanaman merambat atau buah yang rusak dan dapat dicegah dengan perawatan tanaman mentimun yang hati-hati dan dengan menjauhkan hama darinya. Infeksi jamur terjadi ketika spora di udara berakar di permukaan tanaman dan dapat dicegah dengan memperhatikan kebiasaan penyiraman, hama dan, akhirnya, fungisida.
Tidak peduli penyakit mentimun apa yang mungkin umum di daerah tersebut, salah satu cara terbaik untuk melindungi tanaman adalah dengan menggunakan varietas yang telah dibiakkan untuk ketahanan. Benih dan bibit biasanya ditandai sebagai tahan penyakit, dan ketahanan ini bisa bertahan lama. Penyakit tertentu, seperti akar merah muda, bintik coklat dan mosaik mentimun, benar-benar tidak memiliki bentuk pencegahan atau pengobatan lain di luar resistensi bawaan di dalam tanaman. Namun, ini bisa sulit bagi tukang kebun yang mencoba menanam varietas pusaka.
Cara umum lainnya untuk membantu mencegah penyakit mentimun dari tahun ke tahun adalah membuang semua materi tanaman pada akhir musim tanam. Ini berarti membuang semua daun dan tanaman merambat dan sebanyak mungkin akarnya. Tanah harus digarap hingga kedalaman minimal 6 inci (sekitar 15 sentimeter). Selain itu, tanaman harus digilir ke lokasi yang berbeda setiap tahun sehingga penyakit dan hama yang ditularkan melalui tanah, seperti beberapa kumbang dan nematoda, tidak memiliki kesempatan untuk menginfeksi varietas tanaman yang sama lagi di tahun mendatang.
Cara khusus untuk mencegah penyakit jamur mentimun adalah dengan menyadari jumlah dan lokasi air. Saat menyiram, yang terbaik adalah menghindari membuat daun terlalu lembab dan menggunakan metode penyiraman yang ditargetkan seperti kerucut penyiraman, selang hujan atau tabung irigasi tipis. Menghindari penanganan tanaman terlalu banyak juga dapat membantu, karena banyak penyakit jamur masuk ke tanaman melalui celah di permukaan tanaman.
Penyakit bakteri mentimun dapat masuk melalui akar atau terbawa bersama serangga. Mereka dapat mengudara atau terbawa tanah, dan beberapa mampu bertahan hidup di musim dingin di daerah tertentu, membuat mereka menjadi ancaman konstan. Penghalang fisik, seperti berbagai jenis kain taman atau semprotan yang melapisi daun, dapat digunakan. Salah satu metode terbaik untuk mencegah penyakit mentimun bakteri adalah memastikan bahwa tanda-tanda infeksi dihilangkan dari kebun sesegera mungkin, apakah itu pada mentimun itu sendiri atau pada tanaman di dekatnya.
Serangga, termasuk kumbang ketimun, awalnya tidak hanya menimbulkan munculnya penyakit mentimun, tetapi juga pembawa banyak penyakit. Tiga hama terbesar untuk tanaman mentimun adalah kumbang mentimun berbintik dan belang, kutu daun dan siput. Siput berbahaya bagi tanaman tetapi dapat dengan mudah dicegah dengan mengelilingi tanaman dengan campuran mineral khusus yang dapat mengeringkan siput; pasir dan perangkap khusus yang diisi dengan bir juga berfungsi. Kutu daun adalah masalah yang lebih sulit dan persisten yang terkadang dapat diobati dengan insektisida atau larutan sabun dan air yang lembut.
Kumbang mentimun dapat dengan cepat menghancurkan tanaman dan berkembang biak. Cara terbaik untuk mencegahnya adalah dengan penghalang fisik seperti jaring halus atau penanaman pendamping. Tanaman seperti nasturtium, brokoli, dan marigold semuanya mengusir atau mengalihkan perhatian kumbang dari tanaman mentimun. Setelah di tanaman, mereka paling baik dihilangkan dengan tangan atau, dalam skenario terburuk, insektisida, meskipun tanaman mentimun sangat sensitif terhadap banyak bahan kimia dalam insektisida.