Mungkin cara terbaik untuk membersihkan spa adalah dengan mengosongkannya setelah setiap kali digunakan, tetapi ini biasanya tidak mungkin, juga tidak ramah lingkungan. Bakteri dari orang yang mandi dapat berkembang di bak mandi, jadi perlu menggunakan pembersih spa untuk membunuh bakteri yang berpotensi berbahaya dan menjaga peralatan spa bekerja dengan baik. Klorin mungkin adalah pembersih spa yang paling umum digunakan, dan meskipun efektif membunuh bakteri, klorin bisa keras pada kulit dan mata. Pilihan lain seperti bromin juga tersedia, dan bromin tidak begitu pedas pada kulit seperti klorin.
Klorin sebagai pembersih spa cukup murah dan mudah ditambahkan ke spa dengan cepat dan efektif. Ini akan membunuh sebagian besar bakteri di bak mandi, dan bahkan dapat membantu menjernihkan air keruh sampai batas tertentu. Siapapun yang pernah mandi di bak mandi air panas atau kolam renang, bagaimanapun, akan mengenali bau khas klorin. Bau pembersih spa ini bisa sangat menyengat dan tidak menyenangkan, dan klorin cenderung mengeringkan kulit orang yang mandi, menyebabkan gatal dan bahkan kemerahan. Klorin juga dapat menyebabkan sensasi terbakar di mata, sehingga banyak perenang mencoba menghindari klorin bila memungkinkan.
Brom adalah alternatif yang baik untuk klorin sebagai pembersih spa. Ini juga cukup murah dan mudah untuk ditambahkan ke air spa, dan tidak seperti klorin, bromin akan tetap aktif di dalam air untuk jangka waktu yang lebih lama. Meskipun bromin dapat memiliki bau, biasanya baunya tidak sebesar klorin. Mungkin kelemahan terbesar bromin adalah kecenderungannya untuk menurunkan tingkat pH air. Ini berarti pemilik spa atau orang yang memelihara unit perlu meluangkan lebih banyak waktu untuk memantau air spa dan menyesuaikan tingkat pH agar tetap aman dan nyaman.
Pemurni mineral adalah pilihan pembersih spa yang relatif baru, dan mereka kurang pedas pada kulit, belum lagi sangat tahan lama. Jenis pembersih ini biasanya berbentuk stik, dan dimasukkan ke dalam filter spa. Salah satu kelemahan terbesar dari pembersih spa jenis ini adalah biayanya: pemurni mineral cenderung jauh lebih mahal daripada klorin dan bromin. Meskipun efektif dalam membunuh bakteri, mereka lebih mungkin diatasi daripada klorin dan bromin, yang berarti airnya mungkin tidak terlalu bersih.