Server aplikasi open source dibuat untuk bekerja dengan aplikasi yang dihosting, dan memilih server aplikasi yang tepat dapat membantu bisnis dan kehadiran onlinenya. Server aplikasi open source dibuat untuk meng-host aplikasi, sehingga biasanya perlu mengetahui bahasa pemrograman umum untuk memastikan aplikasi bekerja dengan benar. Ketika server aplikasi mengakses database, informasi yang berlebihan dapat memperlambat proses, dan pemeriksa redundansi dapat membantu mengoptimalkan program. Banyak peretas mencoba menembus sistem melalui server aplikasi, sehingga keamanan yang efektif biasanya diperlukan. Sementara server aplikasi open source mungkin sebagus yang dibangun oleh perusahaan mapan, mungkin juga ada masalah kualitas yang perlu dikhawatirkan.
Saat aplikasi dihosting di server aplikasi open source, server biasanya perlu memahami bahasa yang digunakan untuk membangun aplikasi. Misalnya, jika bahasa pemrograman tidak dikenal oleh server, beberapa fitur mungkin hilang, aplikasi mungkin macet saat digunakan atau mungkin tidak pernah diluncurkan. Beberapa server aplikasi memungkinkan pengguna untuk menambahkan bahasa pemrograman baru melalui unduhan, tetapi ini jarang terjadi, sehingga pengguna harus memilih server aplikasi yang memiliki bahasa yang paling sering mereka gunakan.
Selama penggunaan aplikasi, biasanya server mengakses database, baik untuk menarik informasi atau menyimpannya. Jika server aplikasi open source tidak memiliki fitur pemeriksa redundansi, maka ini dapat memperlambat operasi. Misalnya, jika informasi yang ditambahkan ke database sama dengan informasi yang disimpan sebelumnya, ini dapat menambah bobot ekstra ke database yang tidak diperlukan. Selain mempengaruhi kecepatan database, hal ini juga dapat mempengaruhi aplikasi.
Pengguna biasanya diberi akses dasar ke server aplikasi open source, jadi ini membuat peretas sedikit lebih mudah untuk melewati sistem. Ini berarti bahwa mendapatkan server aplikasi dengan beberapa perlindungan biasanya diperlukan. Sebagian besar server aplikasi memiliki alat keamanan dasar, tetapi alat canggih mungkin lebih baik untuk mencegah peretas menerobos server.
Sebagai program sumber terbuka, server aplikasi sumber terbuka mungkin memiliki kelemahan pemrograman yang tidak dimiliki oleh sebagian besar program sumber tertutup. Ini karena orang yang tertarik untuk membuat server aplikasi — bukan bisnis yang ingin menjual program server kepada publik — membangun sebagian besar program open source. Pengguna harus bermain-main dengan server untuk memeriksa kesalahan sebelum memilih program server aplikasi untuk digunakan.