Untuk memilih pengisi daya baterai kapal terbaik, perlu diingat bahwa banyak kapal menggunakan dua jenis baterai yang berbeda. Kunci lain untuk mengisi baterai dengan benar adalah dengan menggunakan pengisi daya baterai yang sangat lambat untuk mengisi daya hingga penuh. Mengisi daya baterai terlalu cepat sering kali dapat mengakibatkan baterai tidak dapat diisi dayanya untuk waktu yang sangat lama. Pengisi daya tipe tetesan adalah unit yang tepat untuk digunakan pada sebagian besar baterai.
Sementara baterai engkol atau starter di kapal hampir selalu berupa baterai berkekuatan tinggi 12 volt, banyak kapal juga sering dilengkapi dengan baterai siklus dalam 12 volt juga. Baterai ini biasanya memberi daya pada peralatan opsional seperti motor trolling dan elektronik pencari ikan. Meskipun kedua baterai ini memiliki tegangan 12 volt, keduanya memerlukan jenis pengisi daya yang berbeda untuk merawatnya dengan benar dan membuatnya tetap terisi penuh. Menggunakan pengisi daya baterai kapal yang salah pada salah satunya dapat merusak baterai setelah digunakan lebih lanjut
Saat mencari pengisi daya baterai perahu terbaik, belilah unit yang dilengkapi dengan sambungan cepat/pelepas sambungan yang memungkinkan baterai diisi dan dirawat tanpa mengeluarkan baterai dari perahu. Seringkali, produsen pengisi daya top-of-the-line juga akan memiliki alat kelengkapan cepat tambahan. Ini dapat ditambahkan ke baterai tambahan atau baterai di kendaraan lain, memungkinkan pengisi daya untuk digunakan pada beragam kendaraan.
Saat memilih pengisi daya baterai perahu, pilih yang memiliki pengaturan untuk memulai serta baterai siklus dalam. Ini menghilangkan kebutuhan untuk dua unit pengisian terpisah untuk memelihara satu perahu. Model top-of-the-line akan memungkinkan pengisian dan pemeliharaan kedua jenis baterai pada waktu yang sama. Meskipun pengisi daya di dalam pengisi daya ini pada awalnya lebih mahal, jika dibandingkan dengan pembelian dua pengisi daya individu berkualitas tinggi, seringkali sangat masuk akal.
Jika harga pengisi daya baterai kapal tidak menjadi masalah, pilih salah satu yang menyertakan restart otomatis jika terjadi kegagalan daya. Jika terjadi kegagalan daya, pengisi daya biasa akan mati sendiri, yang dapat menyebabkan baterai terkuras dan mati. Dengan fitur restart otomatis, perangkat akan mati dengan sendirinya kemudian hidup kembali secara berkala. Ini tidak hanya menghemat daya, tetapi juga mencegah pengisian daya yang berlebihan jika baterai dihubungkan ke pengisi daya baterai perahu untuk waktu yang lama di antara penggunaan.