Memilih motor perahu tempel yang tepat memerlukan pertimbangan yang cermat dari banyak faktor. Ukuran perahu dan tujuan penggunaannya mungkin adalah dua yang paling penting. Pertimbangan lain ketika memilih motor termasuk jenis air di mana perahu akan digunakan serta pengalaman pemilik perahu; pemilik perahu yang tidak berpengalaman sebaiknya memilih motor tempel yang tidak sekuat jenis yang digunakan oleh operator perahu yang berpengalaman. Desain motor juga bisa menjadi faktor penentu karena beberapa desain tidak ditawarkan dalam semua ukuran.
Menempatkan motor perahu tempel di atas perahu yang terlalu besar dapat menimbulkan banyak masalah. Salah satu yang paling mencolok adalah ketidakmampuan kapal untuk naik ke pesawat. Motor kecil tidak mampu menghasilkan kecepatan untuk memungkinkan perahu besar keluar dari air. Ini juga bisa menjadi masalah keamanan, karena motor mungkin tidak dapat mendorong perahu besar melawan arus yang kuat. Hal ini dapat menyebabkan perahu menjadi tidak terkendali dan bergantung pada angin dan arus.
Di sisi lain, jika motor perahu tempel yang digunakan pada kapal yang dimaksudkan untuk trolling kecepatan lambat terlalu besar, motor dapat mengalami pengoperasian kecepatan lambat terus-menerus. Busi kotor dan panas berlebih sering terjadi ketika motor besar dioperasikan pada kecepatan yang sangat lambat untuk jangka waktu yang lama. Pilihan lain yang perlu dipertimbangkan termasuk pilihan motor 2-tak atau 4-tak. Seringkali, mesin 4-tak akan beroperasi pada kecepatan lebih lambat jauh lebih baik daripada 2-tak. Yang terakhir akan menderita busi yang tercemar oli jika tidak diberi kesempatan untuk membersihkan dirinya sendiri dengan lari kecepatan tinggi.
Dengan produksi tenaga yang luar biasa dari motor perahu tempel yang lebih besar, sering kali bijaksana bagi pemilik perahu yang tidak berpengalaman untuk memilih yang lebih kecil dan kurang bertenaga. Mendorong motor besar ke tingkat kinerja yang lebih tinggi sering kali dapat membuat pendayung yang tidak berpengalaman kewalahan dan menyebabkan bencana. Sebuah perahu yang bergerak dengan kecepatan tinggi mudah terganggu oleh gerakan terkecil dari kontrol. Memulai dengan motor yang lebih kecil adalah metode produktif untuk mendapatkan pengalaman. Setelah dikuasai, motor tempel yang lebih kecil dapat ditukar dengan model yang lebih besar atau digunakan pada perahu cadangan yang berbeda.