Pengujian endotoksin bakteri biasanya melibatkan penggunaan reagen yang, bila dicampur dalam larutan dengan kemungkinan kontaminan, menyebabkan reaksi, menandakan adanya endotoksin. Pengujian kromogenik, uji gumpalan gel dan pengujian turbidimetri adalah metode yang biasa digunakan para ilmuwan untuk pengujian endotoksin bakteri. Teknisi menggunakan metode evaluasi ini pada berbagai zat dan objek saat memeriksa kontaminasi endotoksin. Air, bahan baku yang digunakan dalam pembuatan obat, peralatan dan pengemasan semuanya harus melewati standar endotoksin.
Bakteri, jamur, dan virus semuanya memiliki membran luar pelindung yang terdiri dari lipopolisakarida, juga disebut sebagai LPS. Bagian lipid dari rantai ini mengandung endotoksin. Zat-zat ini umumnya tetap berada di dalam membran tetapi dilepaskan selama proses pembelahan sel dan selama penghancuran atau lisis sel. Pada manusia, zat ini menyebabkan demam, koagulasi abnormal, syok septik dan gejala lainnya meskipun tidak seperti eksotoksin di dalam sel, endotoksin tidak berubah menjadi toksoid. Umumnya, ahli mikrobiologi memeriksa keberadaan endotoksin yang terkait dengan berbagai bakteri gram negatif, termasuk E. coli.
Tes gumpalan gel, atau uji Limulus ameboecyte lysate (LAL), melibatkan penggunaan bahan kimia perusak membran yang berasal dari amoebosit kepiting tapal kuda, juga disebut sebagai Limulus polyphemus. Teknisi mengamati indikasi positif endotoksin jika pembekuan atau pembentukan gel terjadi ketika lisat terkena objek atau zat tersebut. Ahli mikrobiologi biasanya menggunakan metode pengujian endotoksin bakteri ini bersama dengan pengujian kromogenik dan turbidimetri untuk hasil yang meyakinkan.
Pengujian endotoksin bakteri kromogenik menggunakan LAL yang diperlakukan secara khusus. Ketika lisat ini kontak dengan endotoksin, reaksi menghasilkan warna tertentu. Proses pengujian akhir meliputi pengukuran kekeruhan atau kekeruhan larutan. Teknisi memaparkan larutan yang terbentuk dalam tes gumpalan gel ke spektrofotometer, yang memancarkan seberkas cahaya. Dengan mengukur hilangnya intensitas cahaya dalam berkas saat melewati larutan, ahli mikrobiologi dapat menentukan apakah ada endotoksin atau tidak.
Rekan laboratorium umumnya menyelesaikan tiga tes endotoksin bakteri ini dua atau tiga kali untuk memastikan hasil yang akurat. Tes gel tidak digunakan secara eksklusif karena batas deteksi terendah adalah 0.03 Ehrlich Unit per mililiter (EU/ml). Pengujian kromogenik dan turbidimetri mendeteksi endotoksin dalam kisaran 0.005 EU/ml. Parameter keamanan sangat berbeda tergantung pada zat yang diuji. Sementara air steril yang digunakan untuk tujuan injeksi atau irigasi dapat mengandung tidak lebih dari 0.25 EU/ml, air steril untuk tujuan inhalasi dapat mengandung hingga 0.5 EU/ml.