Untuk membuat pemrosesan cek berfungsi, biasanya ada beberapa transaksi terpisah yang terjadi. Langkah pertama dalam proses ini datang ketika cek telah disahkan oleh orang atau badan yang disebutkan dalam rekening giro. Bank yang mengoperasikan rekening giro biasanya mengkonfirmasi nomor perutean bank cek, nomor rekening giro, dan jumlah cek yang diberikan oleh orang atau badan tersebut. Setelah verifikasi cek, perusahaan pemrosesan pembayaran meneruskan dana ke rekening bisnis merchant. Sementara beberapa pedagang memiliki sistem pemrosesan cek mereka sendiri, beberapa memutuskan untuk menggunakan sistem pihak ketiga untuk memfasilitasi transaksi dari awal hingga akhir.
Biasanya, seseorang atau entitas melakukan pembayaran dengan salah satu dari tiga cara dengan cek. Ketika transaksi dilakukan secara langsung, pelanggan menggunakan cek kertas yang diproses oleh petugas toko di tempat. Dalam beberapa situasi, pelanggan memilih untuk mengirim pembayaran cek melalui pos, dengan proses transaksi bekerja dengan cara yang sama seperti pembayaran diterima secara langsung. Cara lain untuk membayar transaksi dengan cek adalah melalui transaksi online di mana jumlah pembelian diambil dari rekening berdasarkan perutean dan nomor rekening giro.
Prosesnya hampir sama apakah pembayaran dengan cek dilakukan secara langsung, melalui surat, atau online. Nomor perutean bank, nomor rekening giro, dan jumlah pembelian melalui sistem elektronik. Transaksi pembayaran biasanya diposting di rekening koran pelanggan dengan nomor cek atau kode identifikasi yang menunjukkan pembayaran cek elektronik telah diproses.
Waktu yang diperlukan untuk memproses cek agar berfungsi dapat bervariasi tergantung pada variabel seperti pedagang, lembaga bank, dan kecanggihan pemrosesan transaksi. Transaksi pemrosesan cek biasanya selesai pada akun pelanggan dalam satu hingga tiga hari. Namun, proses ini mungkin memakan waktu lebih lama antara pedagang dan sistem pihak ketiga.
Prosedur pemrosesan cek biasanya tergantung pada kecanggihan sistem pemrosesan cek. Terkadang, jumlah pembayaran diproses secara instan. Dalam kasus lain, perusahaan pemrosesan dapat menahan dana sampai transaksi pembayaran selesai. Untuk sistem lain yang tidak memproses transaksi secara instan atau menahan dana, prosesnya dapat memakan waktu hingga tiga hari untuk diselesaikan.
Bank dapat mengizinkan atau menolak pembayaran. Ini bisa tergantung pada perjanjian keuangan antara bank dan pelanggan. Jika pelanggan dan bank tidak memiliki pengaturan sebelumnya untuk menutup pembayaran, dana yang tidak mencukupi dapat mengakibatkan debit terhadap pedagang. Biasanya, perusahaan pemrosesan pembayaran membebankan biaya kepada pedagang untuk barang yang dikembalikan.
Beberapa pelanggan mungkin memiliki perlindungan cerukan, yang memberi wewenang kepada bank untuk menyetujui pembayaran meskipun dana di rekening tidak mencukupi. Umumnya, transfer dana dari rekening terpisah untuk menutupi jumlah tersebut, bersama dengan biaya pemrosesan tambahan. Metode pemrosesan cek biasanya tidak akan berubah dari perspektif sistem pihak ketiga.