Cara kerja pemeriksaan penyakit menular seksual (PMS) tergantung pada dokter yang melakukan tes dan kebutuhan khusus pasien. Seringkali, dokter mempertimbangkan faktor risiko yang dihadapi pasien saat memutuskan tes mana yang akan dilakukan dalam pemeriksaan STD, kecuali jika pasien meminta tes STD ekstensif. Setelah dokter dan pasiennya menyetujui tes yang harus dilakukan, pemeriksaan STD mungkin melibatkan pengambilan darah, tes urin, atau usap penis pria atau leher rahim wanita. Pemeriksaan fisik sering digunakan sebagai bagian dari pengujian STD juga.
Banyak wanita berasumsi bahwa pemeriksaan STD dilakukan sebagai bagian rutin dari pemeriksaan ginekologi tahunan mereka. Misalnya, seorang wanita yang melakukan tes pap tahunan mungkin berasumsi bahwa dokternya juga melakukan pemeriksaan PMS tahunan. Faktanya adalah, tes pap dapat mengungkapkan tanda-tanda beberapa PMS, tetapi sebagian besar dari mereka mungkin tidak diketahui meskipun tes pap rutin. Selain itu, dokter tidak boleh menguji PMS kecuali pasien mereka berada dalam kelompok berisiko tinggi, seperti mereka yang memiliki banyak pasangan seks. Pria mungkin berasumsi bahwa dokter mereka memeriksa PMS melalui tes darah, tetapi ini bukan kejadian rutin.
Seseorang yang menginginkan pemeriksaan STD menyeluruh biasanya harus memintanya dari dokternya. Dalam kasus seperti itu, ia dapat membagikan rincian kehidupan seksnya untuk membantu dokternya menentukan bentuk pengujian mana yang sesuai. Misalnya, dokter mungkin merekomendasikan tes yang berbeda untuk pria yang berada dalam hubungan monogami jangka panjang versus pria yang memiliki pasangan seksual baru atau berhubungan seks dengan banyak pasangan. Frekuensi tes yang direkomendasikan mungkin juga bergantung pada detail unik kehidupan seks seseorang.
Setelah seseorang memutuskan jenis pemeriksaan PMS yang diinginkannya, ia mungkin harus menyediakan berbagai jenis sampel laboratorium untuk diuji oleh dokternya. Dokter mungkin menggunakan tes urin untuk memeriksa keberadaan gonore atau klamidia, misalnya. Sebagai alternatif, dokter dapat mengirim penyeka bagian dalam penis atau leher rahim ke laboratorium untuk memeriksa PMS ini. Tes darah biasanya digunakan untuk memeriksa sifilis, human immunodeficiency virus (HIV), dan hepatitis. Karena tes darah dapat memberikan hasil negatif palsu pada awal infeksi penyakit ini, tes ulang mungkin diperlukan.
Beberapa jenis PMS tidak terungkap melalui tes darah atau urin. Pemeriksaan untuk herpes genital mungkin termasuk menganalisis sampel jaringan atau kultur dari erupsi lepuh dan pemeriksaan fisik pasien dengan benjolan atau luka yang mencurigakan. Skrining human papillomavirus (HPV) biasanya melibatkan tes pap untuk memeriksa kanker serviks pada wanita. Tidak ada pemeriksaan STD saat ini untuk HPV pada pria.