Berbagai jenis perangkat lunak pemasaran afiliasi termasuk berdiri sendiri, dihosting, keranjang belanja, dan jaringan. Menentukan jenis perangkat lunak mana yang akan digunakan bergantung pada tujuan jangka panjang bisnis, fungsionalitas pilihan, dan anggaran. Setiap jenis perangkat lunak pemasaran afiliasi hadir dengan tingkat fitur, kemampuan, dan kemungkinan penyesuaiannya sendiri. Secara umum, bisnis yang ingin memiliki kontrol penuh atas kustomisasi dan fungsionalitas perangkat lunak akan lebih baik dilayani dengan jenis yang berdiri sendiri, sementara bisnis kecil tanpa departemen TI mungkin lebih puas dengan perangkat lunak berbasis host atau keranjang belanja.
Perangkat lunak pemasaran afiliasi yang berdiri sendiri dipasang di server bisnis dan dihosting sendiri oleh perusahaan. Keuntungan menggunakan perangkat lunak jenis ini mencakup peningkatan opsi untuk penyesuaian, kontrol atas waktu henti, dan fleksibilitas dalam menambahkan fitur baru. Bergantung pada apakah perangkat lunak tersebut open-source atau closed-source, bisnis mungkin juga dapat membuat fiturnya sendiri, menambahkan fungsi lanjutan, dan membuat laporan yang lebih rumit. Kerugiannya termasuk terkadang harus membayar biaya di muka yang tinggi dan dikenakan biaya untuk peningkatan di masa mendatang atau dukungan pelanggan.
Perangkat lunak pemasaran afiliasi yang dihosting adalah jenis perangkat lunak yang di-host di server pihak ketiga. Permulaan bisnis baru dan usaha kecil adalah penyumbang terbesar dari jenis perangkat lunak pemasaran afiliasi ini karena cepat disiapkan, memiliki pembayaran bulanan yang rendah dan tidak memerlukan peningkatan di masa mendatang. Karena perangkat lunak jenis ini biasanya memerlukan biaya bulanan, seiring waktu perangkat lunak ini bisa menjadi lebih mahal daripada membeli perangkat lunak pemasaran yang berdiri sendiri. Kekurangan software ini antara lain tidak dapat melakukan kustomisasi tingkat lanjut, tidak dapat mengontrol waktu henti dan harus menunggu departemen TI pihak ketiga untuk memperbaiki masalah.
Perangkat lunak pemasaran afiliasi keranjang belanja biasanya dibundel dengan program keranjang belanja e-niaga. Ini memungkinkan fungsionalitas yang disederhanakan dan lebih sedikit peluang untuk kesalahan perhitungan pembayaran afiliasi. Meskipun nyaman dan biasanya hemat biaya, mungkin tidak dikemas dengan fitur dan fungsionalitas yang kaya dari perangkat lunak yang berdiri sendiri. Bisnis juga harus menunggu hingga perangkat lunak keranjang belanja mengeluarkan pembaruan untuk menerima lebih banyak fitur atau memperbaiki bug.
Perangkat lunak pemasaran afiliasi jaringan semakin populer karena bisnis tidak perlu menghabiskan waktu untuk menambahkan fitur, meningkatkan, atau berkomunikasi langsung dengan afiliasi. Jenis perangkat lunak afiliasi yang dihosting ini memberi anggotanya database program afiliasi untuk dipilih sehingga mereka dapat mengelola semua penghasilan mereka di satu tempat. Bisnis harus menyediakan jaringan afiliasi dengan spanduk pemasaran, detail hadiah, dan syarat dan ketentuan. Meskipun jenis perangkat lunak pemasaran afiliasi ini nyaman untuk bisnis, mereka biasanya memiliki kendali paling sedikit atas manajemen kampanye dan komunikasi dengan afiliasi melalui perangkat lunak jenis ini.