Beberapa wanita menggunakan ondansetron selama kehamilan untuk mengontrol mual di pagi hari. Diklasifikasikan oleh US Food and Drug Administration (FDA) sebagai obat Kategori B Kehamilan, umumnya dianggap aman untuk meredakan mual pada kehamilan. Namun, itu harus diambil hanya jika diperlukan, seperti ketika wanita tidak dapat menahan makanan karena mual yang ekstrem. Dalam kasus seperti itu, kemungkinan efek negatif ondansetron biasanya dianggap lebih baik daripada bahaya yang mungkin datang pada janin jika tidak mendapatkan nutrisi yang sesuai dari ibu. Untuk itu, ibu hamil dianjurkan untuk mendiskusikan pro dan kontra dengan dokter sebelum mengonsumsi obat ini.
Ondansetron diklasifikasikan sebagai obat Kategori B Kehamilan karena, pada 2011, tidak ada penelitian terkontrol yang diselesaikan pada wanita hamil. Namun, para peneliti telah melakukan penelitian pada hewan untuk mengetahui efek ondansetron pada kehamilan. Menurut hasil, obat ini tidak menimbulkan efek berbahaya pada janin hewan. Meskipun demikian, hewan tidak selalu merespon obat dengan cara yang sama seperti yang dilakukan manusia, itulah sebabnya sulit untuk mengatakan dengan pasti bahwa ondansetron dalam kehamilan tidak akan membahayakan janin. Dengan mengingat hal itu, dokter tidak akan menawarkan obat ini kecuali mereka yakin pasien hamil mereka membutuhkannya untuk alasan kesehatan.
Alasan utama banyak dokter masih meresepkan ondansetron meskipun kurangnya penelitian yang melibatkan manusia adalah bahwa kemungkinan kecil efek negatif seringkali lebih baik daripada alternatifnya. Misalnya, beberapa wanita menderita hiperemesis gravidarum selama kehamilan, yang berarti mereka mungkin memuntahkan hampir semua makanan yang mereka makan. Wanita yang terkena kondisi ini biasanya juga tidak dapat menahan cairan, yang menimbulkan risiko dehidrasi. Ini, ditambah dengan kurangnya nutrisi yang disebabkan oleh sebagian besar makanan yang dimuntahkan, dapat sangat membahayakan ibu dan janin. Dehidrasi dan kekurangan gizi sama-sama diketahui berbahaya, sedangkan ondansetron pada kehamilan tidak diketahui memiliki efek berbahaya, jadi mengonsumsi yang terakhir biasanya dianggap sebagai pilihan terbaik.
Kebanyakan wanita yang memakai ondansetron selama kehamilan hanya membutuhkannya untuk trimester pertama, saat mereka paling mungkin menderita morning sickness. Beberapa wanita, bagaimanapun, membutuhkannya untuk seluruh kehamilan. Dalam kasus seperti itu, dokter mereka kemungkinan akan mengevaluasi kembali situasi pada setiap pertemuan pranatal untuk menentukan apakah manfaat ondansetron pada kehamilan masih lebih besar daripada risiko yang mungkin terjadi. Kebanyakan wanita berhenti membutuhkan obat ini setelah kehamilan berakhir, yang mungkin merupakan hal yang baik untuk ibu menyusui, karena tidak diketahui apakah obat melewati ASI.